(в а.о.)
4(194-202), 5(208-216),
6(248-256), 7(263-271), 8(294-303),
9(309-319), 10(350-359),
11(364-372), 12(390-399), 13(404-411),
14(452-461), 15(470-478),
16(510-518), 17(521-528), 18(549-556),
19(562-570), 20(590-598),
21(605-612), 22(632-639)
В базе данных OPM (Orientation of Proteins in Membranes) был проведен поиск по выданному идентификатору 4WFE_B, трансмембранная часть которого состояла из α-спиралей. Для рассмотрения белка с β-тяжевой трансмембранной составляющей был выбран белок 3FHH.
Основная информация об этих белках приведена в Таблице 1. Трансмембранные участки были получены в разделе Transmembrane subunits на странице каждого из белков.
| PDB ID | 4WFE_B | 3FHH |
| Название | Potassium channel subfamily K member 4, structure 2 | Outer membrane heme transporter ShuA |
| Толщина трансмембранной области | 30.8 ± 1.4 Å | 24.6 ± 0.9 Å |
| Координаты трансмембранных участков (в а.о.) |
1(30-50), 2(140-173), 3(195-218), 4(255-280) | 1(138-146), 2(151-160), 3(165-174), 4(194-202), 5(208-216), 6(248-256), 7(263-271), 8(294-303), 9(309-319), 10(350-359), 11(364-372), 12(390-399), 13(404-411), 14(452-461), 15(470-478), 16(510-518), 17(521-528), 18(549-556), 19(562-570), 20(590-598), 21(605-612), 22(632-639) |
| Среднее число остатков в трансмембранных участках | 25,25 | 8,5 |
| Расположение | Eukaryotic plasma membrane (Плазматическая мембрана эукариот) | Bacterial Gram-negative outer membrane (Внешняя мембрана грам-отрицательных бактерий) |
| Изображение белка, на котором p-сторона мембраны направлена вверх | |
|
Рис. 3. Предсказание TMHMM
На графике выдачи сервиса TMHMM отображена апостериорная вероятность нахождения снаружи, внутри или же в трансмембранном участке. На нем показываются также и маловероятные трансмембранные спирали, что дает представление о точности каждого участка предсказания.
График выдачи Phobius также является графиком апостериорной вероятности.
Результаты программ Phobius и TMHMM согласуются между собой, однако не вполне согласуются с данными базы OPM. Сдвиг в оценке координат трансмембранных участков составляет 20-25 а.о. в направлении N-конца. В связи с этим первый трансмембранный участок был распознан Phobius как сигнальный пептид, и в выдаче TMHMM на один больше трансмембранных участков. В информации из базы данных OPM мы видим аналогичный участок в качестве транмембранного (30-50 а.о.). Таким образом, программами были ложно распознаны в качестве трансмембранных два участка с координатами 87-109 (90-111) а.о. и 203-220 (202-222) а.о. в выдаче TMHMM и Phobius соответствено. Посмотрев на данные по нашему белку в базе данных PDB логично предположить, что это цитоплазматические гидрофобные участки, образующие альфа-спирали. Интересующие нас данные выделены желтым на рис. 5.
База данных TCBD, или Transporter Classification Database, содержит данные по белкам мембранного транспорта и разработке их классификации. В ней был найден белок 3FHH, которому присвоен TCID 1.B.14.2.14
Компоненты TCID, разделенные точками, указывают на класс, подкласс, семейство, подсемейство и собственно транспортер.