Описание генома Hardenbergia virus A

По типу носителя генома вирус Hardenbergia (русское название мне неизвестно) классифицируется как ssRNA positive-strand viruses, no DNA stage, т.е. носителем информации является одноцепочечная РНК положительной полярности (транслируется та РНК, которая входит в состав вируса, а не комплементарная ей), в жизненном цикле нет стадии, в которой носителем информации была бы ДНК. Вирус является членом семейства Betaflexiviridae, выделен из диких стручковых растений в юго-западной Австралии.[1]

Геном этого вируса состоит из одной молекулы РНК, которая содержится в записи NC_015395.1 банка RefSeq и состоит из 6942 нуклеотидов. В геноме закодировано два гена. Информация о генах приведена в таблице 1.

Таблица 1. Гены из генома вируса Hardenbergia virus A (идентификатор записи RefSeq NC_015395.1)

№	Начало	Конец	Ориентация	Длина	Продукт
1	43	6720	+1	6678	RNA-dependent RNA polymerase
2	5049	6218	+1	1170	movement protein

Полученные длины генов делятся на три, что логично, т.к. каждая аминокислота кодируется тремя нуклеотидами (т.е. триплетом). Гены полностью перекрываются (иначе говоря, перекрываются на длину самого короткого гена — 1170 нуклеотидов). Графическое изображение всего генома Hardenbergia представлено на рис. 1, область перекрытия генов показана на рис. 2. Анализируя рис. 2, можно заметить, что ген белка с идентификатором YP_004376201.1 в базе данных NCBI имеет рамку считывания +2 относительно гена белка с идентификатором YP_004376201.1 в базе данных NCBI.

Рис. 1. Расположение генов вируса Hardenbergia (идентификатор записи RefSeq NC_015395.1). Рисунок получен с помощью геномного браузера на сайте NCBI

Рис. 2. Область перекрытия генов вируса Hardenbergia (идентификатор записи RefSeq NC_015395.1). Рисунок получен с помощью геномного браузера на сайте NCBI

Источники:
[1] Wylie,S. and Jones,M., Hardenbergia virus A, a novel member of the family Betaflexiviridae from a wild legume in Southwest Australia. Arch. Virol. 156 (7), 1245-1250 (2011)