Описание белка Rhodanese из генома бактерии Azotobacter vinelandii DJ

Информация о белке и его гене, полученная из записи NC_012560 базы данных RefSeq с полным геномом бактерии, приведена в таблице 1. На рис. 1 изображена окрестность в геноме гена описываемого белка.

Таблица 1. Информация о гене rhdA из генома Azotobacter vinelandii DJ (идентификатор YP_002797966.1 в базе RefSeq)

Вид информации	Квалификатор в записи генома	Значение
Локус гена в геноме	/locus_tag	Avin_07450
Имя гена	/gene	rhdA
Идентификатор гена в базе данных NCBI Gene	/db_xref=”GeneID:…”	7759697
Начало гена в геноме	—	702956
Конец гена в геноме	—	703771
На какой цепи кодируется ген (прямая или обратная)	—	обратная
Длина гена (в парах нуклеотидов)	—	816
Идентификатор белка в базе данных NCBI Protein	/protein_id	YP_002797966.1
Длина белка (в аминокислотных остатках)	—	271

Рис. 1. Геномная окрестность гена rhdA из генома бактерии Azotobacter vinelandii DJ. Ген отмечен черной рамочкой. Рисунок получен с помощью геномного браузера на сайте NCBI

Из рисунка следует, что соседние гены со-направлены с данным, и все три гена находятся на обратной цепи. Расстояние между генами psd и rhdA — 10 нуклеотидов, между генами rhdA и геном из локуса Avin_07460 — 54 нуклеотида. Все три гена находятся на обратной цепи. Я думаю, что эти три гена могут быть в одном опероне поскольку они со-направлены.