Гидрофобное взаимодействие и гидрофобные кластеры белка Rhodanese (идентификатор PDB 1E0C)| Учебный сайт Екатерины Швецовой

Гидрофобное взаимодействие и гидрофобные кластеры белка Rhodanese (идентификатор PDB 1E0C)

Рис. 1. Гидрофобные группы атомов белка Rhodanese (идентификатор PDB 1E0C).

Для выделения гидрофобных групп атомов я снова использовала скрипт atom-types.spt. Фрагмент скрипта, отвечающий нужным группам атомов:


define hfa  ala.cb

define hfr  arg.cb, arg.cg

define hfnd asn.cb, asp.cb

define hfc  cys.cb, cys.sg

define hfqe gln.cb, gln.cg, glu.cb, glu.cg

define hfh  his.cb

define hfi  ile.cb, ile.cg1, ile.cg2, ile.cd1

define hfl  leu.cb, leu.cg, leu.cd1, leu.cd2

define hfk lys.cb, lys.cg, lys.cd

define hfm  met.cb, met.cg, met.sd, met.ce

define hff  phe.cb, phe.cg, phe.cd2, phe.ce2, phe.cz, phe.ce1, phe.cd1

define hfp  pro.cb, pro.cg

define hft  thr.cg2

define hfw  trp.cb, trp.cg, trp.cd2, trp.ce3, trp.cz3, trp.ch2, trp.cz2

define hfy  tyr.cb, tyr.cg, tyr.cd2, tyr.ce2, tyr.ce1, tyr.cd1

define hfv  val.cb, val.cg1, val.cg2

Т. е. согласно скрипту гидрофобными считаются не связанные с полярными группами атомы углерода боковых радикалов аланина, аргинина, аспарагина, аспарагиновой кислоты, цистеина, глутамина, глутаминовой кислоты, гистидина, изолейцина, лейцина, лизина, метионина, фенилаланина, пролина, треонина, триптофана, тирозина и валина, а также атомы серы метионина и цистеина.
На рис. 1. гидрофобные группы атомов показаны синими шариками.

Рис. 2. Гиброфобный кластер атомов в белке Rhodanese (идентификатор PDB 1E0C).

В ручную выделить кластер мне не удалось, поэтому я воспользовалась сервисом CluD. На рис. 2. изображен кластер core1 из 120 атомов.