Внутримолекулярные взаимодействия боковых цепей белка Rhodanese (идентификатор PDB 1E0C)| Учебный сайт Екатерины Швецовой

Внутримолекулярные взаимодействия боковых цепей белка Rhodanese (идентификатор PDB 1E0C)

Солевые мостики

Рис. 1. Солевые мостики белка Rhodanese (идентификатор PDB 1E0C).

На рис. 1. изображены солевые мостики белка сульфуртранферазы. Я нашла в общей сложности 15 солевых мостиков. Для их выделения я использовала скрипт atom-types.spt. Фрагмент скрипта, отвечающий нужным группам атомов:


define hbnegative asp.od1, asp.od2, glu.oe1, glu.oe2

define hbpositive arg.ne, arg.nh1, arg.nh2, lys.nz

Т. е. солевые мостики могут образовываться между отрицательно заряженными атомами кислорода боковых радикалов аспарагиновой и глутаминовой кислот и положительно заряженными атомами азота боковых радикалов аргинина и лизина. Команды Jmol для их выделения:


within(GROUP,within(3.5, hbpositive) and hbnegative)

within(GROUP,within(3.5, hbnegative) and hbpositive)

Рис. 2. Детальное изображение солевого мостика белка Rhodanese (идентификатор PDB 1E0C).

На рис. 2. изображен солевой мостик между атомом азота аргинина 66 (донор протона) и атомом кислорода глутаминовой кислоты 70 (акцептор протона). Длина связи составляет 2,91 А.

Водородная связь, не являющаяся солевым мостиком

Рис. 3. Водородная связь, не являющаяся солевым мостиком.

Рис. 3. иллюстрирует водородную связь между атомом азота аргинина 125 (донор протона) и атомом кислорода глутамина 17 (акцептор протона). Длина связи составляет 2,89 А.

Дисульфидные мостики

Рис. 4. Дисульфидные мостики белка инсулина (идентификатор PDB 1ZNI).

Белок сульфуртрансферазы не содержит дисульфидных мостиков (да и цистеин вообще), поэтому для следующего задания я выбрала другой белок - белок инсулина. На рис. 4. изображены его дисульфидные мостики.

Рис. 5. Детальное изображение дисульфидного мостика белка инсулина (идентификатор PDB 1ZNI).

На рис. 5. изображен дисульфидный мостик между цистеинами 19 и 20.