Мотивы, Prosite | Учебный сайт Екатерины Швецовой

Мотивы, Prosite

Поиск мотивов с помощью сервиса prosite выполнялся для множественного выравнивания aln1_5.fa из первого практикума по выравниваниям. Для этого я ввела в окно запроса fasta-файл из последовательностей данного выравнивания. Prosite нашёл 2 мотива: G_PROTEIN_RECEP_F1_1 (идентификатор PS00237) и G_PROTEIN_RECEP_F1_1 (идентификатор PS00237). Для дальнейшей работы я использовала мотив с идентификатором PS00237. Выравнивание с выделенным мотивом показано на рис. 1.

Рис. 1. Множественное выравнивание с выделенным мотивом (позиции с 75 по 91). Раскраска ClustalX, консервативность 70%.

Основываясь на выравнивании я составила сильный паттерн данного мотива: [AS]-SI-[WLIM]-[NLH]-L-[CVAT]-[VAMG]-I-[ASG]-[LIMFV]-DR-[CY]-[MTIVRLW]-[AM]-[IVA]. Данный паттерн находит все исходные последовательности, и, если его ещё более ужесточить, то появятся последовательности из выравнивания, которые найденны не будут. Всего для этого паттерна найдено 114 последовательности в Swissprot и 1068 - в Tremble.

Далее я составила следующий слабый паттерн для данного мотива: [AS]-SI-x(2)-L-x(2)-I-x(2)-DR-[CY]-x-[AMIV](2). По нему было найдено 222 последовательности в Swissprot и 2562 последовательности в Tremble. Видно, что количество найденных последовательностей увеличилось примерно в два раза по сравнению с сильным паттерном, что не так уж и много. Возможно, так произошло потому, что при составлении слабого паттерна я оставила неизменными позиции, соответствующие абсолютно консервативным в выравнивании.

Также я осуществила поиск по паттерну, приведенному в описании мотива: [GSTALIVMFYWC]-[GSTANCPDE]-{EDPKRH}-x-{PQ}-[LIVMNQGA]-{RK}-{RK}-[LIVMFT]-[GSTANC]-[LIVMFYWSTAC]-[DENH]-R-[FYWCSH]-{PE}-x-[LIVM]. В Swissprot было найдено 2338 совпадений в 2334-ёх последовательностях (т. е. в некоторых последовательностях данный мотив встретился больше одного раза). Результат поиска в Tremble превысил лимит в 10000 последовательностей, было показано 10064 совпадений в 10000 последовательностях. Можно заключить, что паттерн, приведенный на сайте prosite, намного слабее составленного мной паттерна.