Пространственная структура белка rhodanese (идентификатор PDB 1E0C)| Учебный сайт Екатерины Швецовой

Пространственная структура белка сульфуртрансферазы бактерии Azotobacter vinelandii (идентификатор PDB 1E0C)

Название структуры: сульфуртрансфераза (sulfurtransferase, синоним: rhodanese).
Общее количество цепей в PDB-файле: одна (цепь А).

Молекулы, отличные от белка и воды: этиленгликоль C2H6O2 (2 молекулы), сульфат-ион SO4 (2 иона), ионы магния (3 иона), s-меркаптоцистеин C3H7NO2S2.

Рис. 1. Пространственная структура белка Rhodanese из генома бактерии Azotobacter vinelandii (идентификатор PDB 1E0C). Сиреневым цветом показаны α-спирали, зеленым отмечены β-слои. Тёмно-синие шарики изображают атомы кислорода в молекулах воды. Ярко-синим цветом показаны ионы магния (одного из лигандов).

Рис. 2. Еще одно представление белка rhodanese из генома бактерии Azotobacter vinelandii (идентификатор PDB 1E0C). В шариковой модели изображена вода (голубого цвета) и ионы магния (зеленого цвета), в проволочной модели - сульфат-ионы, этиленгликоль (окраска по типу атомов). Белок изображен в ленточной модели, цветовым переходом показано то, как следует цепь белка от N- до C-конца (начало цепи - красный цвет; конец цепи - синий цвет).

На рис. 1 можно увидеть третичную структуру белка сульфуртрансферазы. Этот рисунок может быть получен с помощью следующего скрипта:


load 1E0C.pdb

rotate z -20

rotate x 70

select protein

backbone off

wireframe off

cpk off

ribbons off

wireframe off

backbone off

cartoons off

ribbons 100

select helix

color [216,55,222] 

color translucent 0.3

ribbons 300

select sheets

ribbons off

backbone 70

color [98,142,40]

select water

background [50, 2, 60]

color [96,72,159]

color translucent 0.7

select mg

color blue

select ligand

color cpk

cartoons off

wireframe 60

Информация о белке сульфуртрансферазы, полученная из pdb-файла

Информация из PDB-файла	Перевод и пояснения
`TITLE SULFURTRANSFERASE FROM AZOTOBACTER VINELANDII`	Сульфуртрансфераза бактерии Azotobacter vinelandii
`SOURCE 2 ORGANISM_SCIENTIFIC: AZOTOBACTER VINELANDII;`	Белок получен из бактерии Azotobacter vinelandii
`COMPND MOL_ID: 1; COMPND 2 MOLECULE: SULFURTRANSFERASE; COMPND 3 CHAIN: A; COMPND 4 SYNONYM: RHODANESE; COMPND 5 EC: 2.8.1.1; COMPND 6 ENGINEERED: YES`	Молекула сульфуртрансферазы; Белок состоит из одной цепи А; Синоним: rhodanese
`HETNAM CSS S-MERCAPTOCYSTEINE HETNAM SO4 SULFATE ION HETNAM MG MAGNESIUM ION HETNAM EDO 1,2-ETHANEDIOL FORMUL 1 CSS C3 H7 N O2 S2 FORMUL 2 SO4 2(O4 S 2-) FORMUL 4 MG 3(MG 2+) FORMUL 7 EDO 2(C2 H6 O2) FORMUL 9 HOH *341(H2 O1)`	В белке присутствуют следующие дополнительные молекулы: s-меркаптоцистеин сульфат-ионы ионы магния этиленгликоль
`EXPDTA X-RAY DIFFRACTION REMARK 2 REMARK 2 RESOLUTION. 1.8 ANGSTROMS.`	Метод расшифровки - рентгеноструктурный анализ с разрешением 1.8 ангстрем

Выравнивание последовательности белка из fasta-файла по данным NCBI и последовательности его же, по данным из PDB-файла

Выполнив выравнивание, я обнаружила, что последовательности полностью совпадают. Файл с выравниванием, иллюстрирующий данный результат, вы можете посмотреть здесь.

Биологическая единица белка сульфуртрансферазы

На рис. 3 можно увидеть сравнение структуры белка сульфуртрансферазы и его биологической единицы. Видно, что они полностью идентичны.

Рис. 3. Белок rhodanese и его биологическая единица.