Укоренение в среднюю точку

В прошлом задании методом "Neighbor Joining Using % Identity", на основе выравнивания рибосомных белков S2 бактерий отдела Firmicutes, построенного при помощи Muscle, было реконструировано дерево, графическое представление которого можно увидеть на рис. 1.

Рис. 1. Филогенетическое дерево нескольких видов бактерий отдела Firmicutes, построенное методом "Neighbor Joining Using % Identity" на основе выравнивания рибосомных белков S2 бактерий отдела Firmicutes. Изображение получено с помощью программы Jalview.

Это дерево было укоренено в среднюю точку с помощью программы retree пакета PHYLIP. Использовалась команда "Midpoint root the tree". Полученное дерево было открыто программой MEGA 6, сохранено в Newick-формате (ссылка). Изображение получившегося укорененного дерева можно увидеть на рис. 2.

Рис. 2. Филогенетическое дерево нескольких видов бактерий отдела Firmicutes, построенное методом "Neighbor Joining Using % Identity" на основе выравнивания рибосомных белков S2 бактерий отдела Firmicutes и укорененное в среднюю точку с помощью программы retree пакета PHYLIP. Изображение получено с помощью программы MEGA 6.

Дерево укоренилось в ветвь {LACDA,STRPN} vs {CLOB1,FINM2,BACAN,GEOKA,LISMO,STAES}, что не соответствует подтверждённому таксономией дереву из предыдущего практикума. Хотя ветвь, в которую произошло укоренение, присутствует на правильном дереве, это укоренение нельзя считать достоверным.

© Shvetsova Ekaterina, FBB MSU, 2013
Дата последнего изменения: 07.12.2016