Страница четвертого семестра | Учебный сайт Екатерины Швецовой

Поиск последовательностей Шайна-Дальгарно в геноме бактерии Azotobacter vinelandii DJ

Последовательность Шайна-Дальгарно находится на сайтах посадки рибосом мРНК прокариот, она располагается за несколько нуклеотидов до стартового кодона. Поиск последовательностей Шайна-Дальгарно производился в геноме бактерии Azotobacter vinelandii DJ.

Для этого с FTP-сервера NCBI был скачан файл с геномом этой бактерии и хромосомная таблица, содержащая координаты различных кодирующих участков генома. По этой таблице были определены координаты участков, которые могут содержать последовательности Шайна-Дальгарно. Это участки с координатами [-35;0] от начала каждого гена. Всего в геноме данной бактерии содержится 5223 подобных учатка. Для них был составлен файл-список, содержащий соответствующие координаты, для последующего использование программой seqret (скрипт).

Данный файл был подан на вход программе seqret (команда seqret @coordinates_all.txt seqs_all.fasta). В результате получен файл, содержащий нужные последовательности, но с неправильными (одинаковыми) именами. Для возможности последующего использования программой MEME, последовательности были переименованы (скрипт).

Далее использовались онлайн версии программ MEME и MAST. Для создания PWM первые 1000 поледовательностей (из 5223 полученных) были поданы на вход программе MEME. В результате был найден мотив длиной 15 нуклеотидов и E-value 1.9e-012 (который, вероятно, и является последовательностью Шайна-Дальгарно). Лого мотива можно увидеть на рис. 1. HTML-выдача программы MEME - здесь.

Рис. 1. Лого мотива, найденного программой MEME.

Далее файл из выдачи MEME вместе с файлом, содержащим все 5223 анализируемые последовательности, был подан на вход программе MAST для того, чтобы найти полученный мотив в геноме бактерии. HTML-выдача MAST - здесь. Было найдено 28 последовательностей, содержащих достоверные совпадения с найденным мотивом. Номера этих последовательностей сохранены в файл, и с использованием этих номеров последовательности сохранены в отдельный файл (скрипт).