Страница четвертого семестра | Учебный сайт Екатерины Швецовой

Поверхность белка

Для белка purine repressor-hypoxanthine-purf-operator complex (1PNR) было произведено изучение поверхностей контакта мономеров гомодимера и контактов белка с ДНК в комплексе. С помощью PyMol из мономера (хранящегося в PDB) был получен димер (комманда symexp sym, 1PNR, 1PNR, 2) а затем была произведена визуализация поверхности контакта между мономерами белка (рис. 1), поверхности белка, контактирующей с ДНК (рис. 2) и поверхности ДНК, контактирующей с белком (рис. 3).

Рис. 1. Поверхность контакта мономера белка 1PNR с вторым мономером. Симметричные субьединицы отображены в красном и синем цвете. Изображение получено с помощью программы PyMol.

Рис. 2. Поверхность контакта белка 1PNR с ДНК. Симметричные субьединицы отображены в красном и синем цвете. Изображение получено с помощью программы PyMol.

Рис. 3. Поверхность контакта ДНК с белком 1PNR. Симметричные субьединицы отображены в красном и синем цвете. Изображение получено с помощью программы PyMol.

Затем с помощью сервера Clud (порог расстояния 4.3 ангстрем, минимальный размер кластера - 10) было произведено определение гидрофобных кластеров мономера 1PNR. В целом было найдено 13 кластеров, визуализацию выдачи Clud можно найти на рис. 4. С помощью PyMol были получены рисунки 5 и 6, на которых отображены атомы поверхностей контакта, входящие в гидрофобные кластеры, определенные Clud.

Рис. 4. Гидрофобные кластеры белка 1PNR. Изображение получено с помощью Clud.

Рис. 5. Поверхность контакта мономера белка 1PNR с вторым мономером. Симметричные субьединицы отображены в красном и синем цвете. Поверхность контакта покрашена красным. Атомы, входящие в гидрофобные кластеры, определенные Clud, выделены желтым и отображены в виде сфер. Изображение получено с помощью программы PyMol.

Рис. 6. Поверхность контакта белка 1PNR с ДНК. Симметричные субьединицы отображены в красном и синем цвете. Поверхность контакта покрашена красным. Атомы, входящие в гидрофобные кластеры, определенные Clud, выделены желтым и отображены в виде сфер. Изображение получено с помощью программы PyMol.