Структурная классификация

В рамках данного практикума производилось сравнение структурных классификаций пептидогликан связывающего белка Enterococcus faecium (pdb-код 1zat) по данным SCOPe, ECOD, CATH и Pfam.

SCOPe

SCOPe определил 2 домена данного белка:

• L,D-transpeptidase, C-terminal, catalytic domain (b.160.1.1) - 339-466
• L,D-transpeptidase, pre-catalytic domain (d.335.1.1) - 217-338

ECOD

По данным ECOD данный белок также содержит 2 домена:

• L,D-transpeptidase catalytic domain-like (YkuD) - 339-466
• L,D-transpeptidase pre-catalytic domain-like (PG_binding_4) - 217-338

CATH

CATH нашел только 1 домен:

• L,D-transpeptidase catalytic domain-like - 342-466

Pfam

По данным Pfam в данном белке содержится 2 домена, причем один из них - в двух экземплярах:

• YkuD (PF03734) L,D-transpeptidase catalytic domain - 342-465
• PG_binding_4 (PF12229), Putative peptidoglycan binding domain - 81-199, 209-325

Таким образом, все базы данных находят транспептидазный каталитический домен и его границы практически полностью одинаковые в случае всех четырёх рассмотренных баз данных (различия в границах 1-3 аминокислоты). Классификации SCOPe и ECOD полностью идентичны. CATH не нашел в белке пептидогликан связывающий домен, а по версии Pfam данный белок содержит две копии пептидогликан связывающего домена.

© Shvetsova Ekaterina, FBB MSU, 2013
Дата последнего изменения: 29.05.2015