Страница четвертого семестра | Учебный сайт Екатерины Швецовой

Поиск в PDB

В рамках данного практикума производился поиск структур в PDB, удовлетворяющих следующим критериям:

белок принадлежит плацентарному млекопитающему (Eutheria)
белок является метилтрансферазой (2.1.1)
белок является белком дикого типа (структура не содержит экспрессионных тэгов)
структура содержит лиганд(ы)
структура белка расшифрована методом рентгеноструктурного анализа, в записи PDB содержатся экспериментальные данные
Разрешение структуры меньше либо равно 2 Å.

Соответствующая строка поиска в PDB:

TaxonomyTree Search for Eutheria (placentals) and Enzyme Classification Search : EC=2.1.1 and Percent Sequence Alignment Search : PDB can contain Expression Tag sequence = No , and Resolution is between 0.0 and 2.0 and Ligand Search : Has free ligands=yes and Experimental Method is X-RAY and has Experimental Data

В результате было найдено 77 структур PDB. Далее была сгенерирована таблица с информацией о результатах поиска (в таблицу была дополнительно включена информация о разрешении структуры, молекулярной массе белка, количеству аминокислотных остатков, организме, в котором производилась экспрессия, годе публикации структуры, таксономии организма, содержащего данный белок). Получившуюся таблицу можно скачать тут.

Скачанные последовательности этих структур в формате фаста можно найти здесь. Архив с соответсвенными .pdb файлами можно скачать тут.