Расчет вторичной структуры

В рамках данного практикума производился расчёт вторичной структуры для пептидогликан связывающего белка Enterococcus faecium (pdb-код 1zat). Данный белок содержит 6 спиралей, и 6 бета листов, состоящих из нескольких бета-тяжей (в общей сложности структура содержит 18 бета-тяжей). Предсказание границ вторичных структур белка производили с помощью Stride.

Текстовую выдачу Stride можно скачать здесь, визуальная выдача представлена на рис. 1. Stride обнаружил в белке 5 альфа-спиралей и 2 310-спирали, одна из них (координаты 349-351) очень короткая и вообще никак не отражена в аннотации PDB. Помимо этого Stride определил 18 бета-тяжей. В таблице 1 представлено сравнение границ 2-ух альфа-спиралей и 2-ух бета-тяжей по данным PDB и Stride.

Рис. 1. Визуальная выдача Stride для пептидогликан связывающего белка Enterococcus faecium (pdb-код 1zat)

Таблица 1. Сравнение границ двух ɑ-спиралей и двух β-тяжей пептидогликан связывающего белка Enterococcus faecium по данным PDB и Stride

Вторичная структура	Границы в PDB	Границы по Stride
ɑ-спираль	261-277	262-276
ɑ-спираль	446-457	447-456
β-тяж	231-235	231-235
β-тяж	406-412	406-412

Stride правильно рассчитал границы двух рассмотренных бета-тяжей, границы альфа-спиралей также отличаются от границ, указанных в PDB незначительно (на 1 аминокислоту).

© Shvetsova Ekaterina, FBB MSU, 2013
Дата последнего изменения: 29.05.2015