Гидрофобные кластеры

Производился поиск гидрофобных кластеров пептидогликан связывающего белка Enterococcus faecium (pdb-код 1ZAT) с помощью Clud. Программу запускали несколько раз, варьируя порог размера кластера (от 3 до 10) и порог расстояния (Distance threshold) от 4 до 5.4 Å. Белок 1ZAT состоит из двух доменов, которые можно разделить визуально. Ситуация, когда разным доменам принадлежат разные кластеры наблюдалась при пороге 4.3 Å (см рис. 1), в данном случае Clud нашёл в белке 5 гидрофобных кластеров, один из которых занимает ядро одного из доменов белка, а четыре остальных принадлежат другому домену. При повышении значения порога один из кластеров становится слишком большим и захватывает оба домена (как например при пороге 4.5 Å, см. рис. 2).

Рис. 1. Гидрофобные кластеры пептидогликан связывающего белка Enterococcus faecium (pdb-код 1ZAT). Изображение получено с помощью Clud, Distance threshold = 4.3 Å

Рис. 2. Гидрофобные кластеры пептидогликан связывающего белка Enterococcus faecium (pdb-код 1ZAT). Изображение получено с помощью Clud, Distance threshold = 4.5 Å

Для домена тетрамеризации TRPM7 катионных каналов (pdb-код 3E7K) производился поиск гидрофобных кластеров в области контакта 2-ух спиралей. Производился поиск гидрофобных кластеров между цепями A и B белка. Clud нашёл 3 кластера (при пороге 5.4 Å), визуализацию которых можно посмотреть на рис. 3. Видно, что наличие гидрофобных аминокислот в области между спиралями важно для их контакта.

Рис. 3. Гидрофобные кластеры в области контакта цепей A и B домена тетрамеризации TRPM7 катионных каналов (pdb-код 3E7K). Изображение получено с помощью Clud, Distance threshold = 5.4 Å

© Shvetsova Ekaterina, FBB MSU, 2013
Дата последнего изменения: 29.05.2015