Программа MEME
Последовательности ДНК E.coliПользуясь сервером MEME, нашел общий мотив в последовательностях ДНК (предполагаемый сигнал, узнаваемый белком PurR).
Для этого провел поиск с заданными параметрами (количество встреч каждого мотива - не более 1го на последовательность, длина мотива - 16, число различных мотивов - 1).
В результате мною было получено LOGO (матрица, показывающая возможность появления определенного буквы в поределенной позиции на протяжении всего мотива, чем больше вероятность, тем больше буква):
Матрица PSSM (используется поисковыми программами, такими как MAST):
| № | A | C | G | T | Pattern |
| 1 | 135 | -1010 | 34 | -1010 | R |
| 2 | 181 | -1010 | -1010 | -1010 | A |
| 3 | 67 | -124 | 34 | -65 | A |
| 4 | -65 | -1010 | 193 | -1010 | G |
| 5 | 67 | 76 | -1010 | -65 | H |
| 6 | 167 | -124 | -1010 | -1010 | A |
| 7 | 181 | -1010 | -1010 | -1010 | A |
| 8 | 93 | -24 | -124 | -65 | A |
| 9 | -1010 | 222 | -1010 | -1010 | C |
| 10 | -1010 | -1010 | 222 | -1010 | G |
| 11 | -65 | -1010 | -24 | 116 | T |
| 12 | -1010 | -1010 | -1010 | 181 | T |
| 13 | -1010 | -1010 | -1010 | 181 | T |
| 14 | -165 | -24 | 134 | -65 | G |
| 15 | -165 | 208 | -1010 | -1010 | C |
| 16 | -165 | -124 | 176 | -165 | G |
Таблица найденных мотивов:
| имя последовательности | цепь | координата первого нуклеотида | P-VALUE |
| purM | - | 21 | 2.63e-10 |
| cvpA | - | 29 | 6.13e-10 |
| purE | - | 14 | 6.22e-09 |
| purC | + | 32 | 8.50e-09 |
| codB | - | 18 | 4.47e-08 |
| purL | - | 9 | 7.23e-08 |
| purR | - | 40 | 1.04e-07 |
| guaB | + | 30 | 1.03e-06 |
| glnB | + | 16 | 1.74e-06 |
| purA | - | 78 | 3.85e-06 |
| rpiA | - | 41 | 4.43e-06 |
Исходные последовательности (найденный мотив подчеркнут):
>codB aaaaaatatatttccccacgaaaacgattgctttttatcttcagatgaatagaatgcggcggattttttgggtttcaaacagcaaaaagggggaatttcg >purE tgatttcacagccacgcaaccgttttccttgctctctttccgtgctattctctgtgccctctaaagccgagagttgtgcaccacaggagttttaagacgc >pyrC agggcgcattcgcgccctttatttttcgtgcaaaggaaaacgtttccgcttatcctttgtgtccggcaaaaacatcccttcagccggagcatagagatta >purR ggcgtaccgcaacacttttgttgtgcgtaaggtgtgtaaaggcaaacgtttaccttgcgattttgcaggagctgaagttagggtctggagtgaaatggaa >cvpA tttattgatgcgcgggaaggaaatccctacgcaaacgttttctttttctgttagaatgcgccccgaacaggatgacagggcgtaaaatcgtgggacacat >purM aaaggttgtgtaaagcagtctcgcaaacgtttgctttccctgttagaattgcgccgaattttatttttctaccgcaagtaacgcgtggggacccaagcag >guaB gatagcaagcattttttgcaaaaaggggtagatgcaatcggttacgctctgtataatgccgcggcaatatttattaaccactctggtcgagatattgccc >glnB ttcccgacacgagctggatgcaaacgatttcaaggaatgaattggcgttatgtgttacgtttagcagatcaaaagacaggcgaccttttcaaggaatagc >purL ttatttccacgcaaacggtttcgtcagcgcatcagattctttataatgacgcccgtttcccccccttgggtacaccgaaagcttagaagacgagagactt >purA aaaacagactgatcgaggtcatttttgagtgcaaaaagtgctgtaactctgaaaaagcgatggtagaatccatttttaagcaaacggtgattttgaaaaa >folD tcacgcgataaatctgaaacgaaacctgacagcgcgccccgcttctgacaaaataggcgcatccccttcgatctacgtaacagatggaatcctctctctg >rpiA tattttatggatgagttaaccacgcggcttgccaacggggtctgaatcgctttttttgtatataatgcgtgtgaaatttcataccacaggcgaaacgatc >carA tttgccagaaattcgtcggtaagcagatttgcattgatttacgtcatcattgtgaattaatatgcaaataaagtgagtgaatattctctggagggtgttt >pdhR cctgtatggacataaggtgaatactttgttactttagcgtcacagacatgaaattggtaagaccaattgacttcggcaagtggcttaagacaggaactca >fixA tgaaagttggatttatctgcgtgtgacattttcaatattggtgattaaagttttatttcaaaattaaagggcgtgatatctgtaattaacaccaccgata
Сверим полученные данные с экпериментально полученными результатами
1. Координаты предсказанных сайтов в большинстве случаев расходятся с реальными (в основном на 1-2 нуклеотида)
2. Чувствительность = 10/10, специфичность = 10/11
Назад