Контакты в структуре белка THIO_Bacsu

I. Примеры разных контактов в молекуле белка THIO_Bacsu.

1. Пример гидрофобного контакта

Здесь рассмотрен пример гидрофобного контакта фенилаланина(11 а.о цепи А). Найдем все атомы, которые находятся на расстоянии 4Å от 11а.о.
На рисунке в шарнирной модели с маленькими шариками представлен исследуемый а.о. В виде проволочной модели представлен а.о. контактирующим с исследуемым а.о.
Крупные шарики - атомы а.о. которые взаимодействуют с 11а.о.

2. Примеры водородных связей между боковыми группами.

a) Связь между O-O

На рисунке показано взаимодействие 67 а.о. тирозина и 12 а.о. серина. Взаимодействующие атомы кислорода представленны большими красными шариками.
Взаимодействующие атомы кислорода находятся на расстоянии 3.34Å. Кто является донором, кто акцептором определить сложно.

б) Связь между N-N

В исследуемом белке нет такой связи. В этом можно убедиться ,посмотрев на рисунок. На нем синим раскрашен лизин, зеленым-глутамин, желтым-аспарагин.(все а.о, которые имеют азот в боковой цепи). Аргинина в исследуемом белке нет. Голубыми шариками отмечен азот.
На рисунке видно, что нет таких атомов азота, находящихся на расстоянии 3.5Å, нет.

Дальше, я исследовал с какими атомами взаимодействует атом азота (*.NZ) лизина. Я провел исследование на лизине 91 а.о. Атом азота взаимодействует с атомом кислорода серина. Атом кислорода остовный. Большими шариками показаны взаимодействующие атомы азота (голубой) и кислорода (красный).

3. Пример дисульфидного мостика

Сначала найдем дисульфидные мостики в инсулине. В инсулине их 6. Они отмеченны желтым. Желтым шариками отмечены контактирующие атомы серы.

В моем исследуемом белке присутствует один дисульфидный мостик. Интересно, что этот мостик соединяет цепь А и В белка. Точно также как и на предыдущем рисунке, желтым отмечен дисульфидный мостик и атомы серы. Вернуться на страничку 1 семестра