Эволюционные домены. БД Pfam, InterPro.


Доменная структура белка THIO_BACSU по данным Pfam
Cхема из Pfam:
Пояснения к схеме
№ Pfam AC Pfam ID Полное название семейства доменов Положение в последовательности белка THIO_BACSU Клан
1. PF00085 Thioredoxin Тиредоксины-малые ферменты, которые участвуют в окислительно-восстановительных реакциях, с помощью обратимого окисления активных связей дисульфидных центров. 2–103 Клан Thioredoxin-like (CL0172), содержит 27 семейства

Представленность домена PF00085 в организмах разных видов

Таксон
Количество белков с доменом PF0085.
Эукариоты Зеленые растения(Viriplantae) 96
Грибы 82
Животные 119
Остальные эукариоты 70
Бактерии 1555
Археи 66

Представленность изучаемых доменов в белках Bacillus subtilis

№ PFAM ID Bacillus subtilis
1. PF00085 7

Разные доменные перестройки P00085


PF00085 (Thioredoxin) встречается в сочетании с разными доменами, бывает как и одно- так и многодоменные, а так же встречается на разных концах последовательности
B0XJ65_CULQU:
Q2KFP4_MAGGR:
Q2HB57_CHAGB:

Ссылка на выравнивание-затравку для домена PF00085 белка THIO_BACSU

Сравнение описание мотивов в разных БД


1)Самый короткий мотив. THIOREDOXIN. Представлен ввиде 3-х участков. Описан в БД Prints.
2)Самый длинный мотив. Сразу 4: Thioredoxin_fold; Thiordxn-like_fd; Thioredoxin; THIOREDOXIN_2. Описаны в БД Gene3D; SuperFamily; PFAM; PROSITE profile соответственно.
3)Структурные подписи интегрированые в InterPro.

4)Отличаются ли границы структурных доменов от границ доменов Pfam?Не очень сильно отличается

Вернуться на страничку 2 семестра
© Сливко-Кольчик