Алгоритмы реконтрукции филогении

Укоренение в среднюю точку

Получившиеся дерево с помощью neighbor-joining.

C помощью программы retree мы укорененили дерево среднюю точку.

На картинке с деревом из neighbor-joining корень распологается на ветви, на которую указывает красная стрелочка.

Отличия между этими деревьями (по строению) я не вижу, кроме появившегося корня =).

Почему это нельзя сделать с деревьями, построенными методом максимальной экономии?
Для укоренения в среднюю точку необходима растояния. В методе максимальной экономии дерево не считает расстояния.

Почему это не имеет смысла делать с деревом, построенным методом UPGMA?
Дерево, построенное методом UPGMA уже укоренненое. Зачем его второй раз укоренять?

Использование внешней группы

Итак, внешней группой для этих белков будет RPOZ_ECOLI.
Дерево, посторенное с использованием внешней группы.

Использовав внешнюю группу, можно увидеть корень для иследованных белков. Это 11. Но новое дерево отличается от построенного с помощью neighbor-joining. Это связано с тем, что на вход программы мы подали новое выравнивание (с ECOLI). Из-за этого деревья разные.

Бутстрэп

После проведения бутстрэп-анализа филогении, я получил дерево.

Дерево построенное с помощью fprotpars.

Группа листьев (CLOB1,CLOTE) и (BACAN,GEOKA) поменялись местами в бутстрэпе, но с учетом того, что дерево не укоренненое, деревья полностью идентичны.

Вернуться на страничку 4 семестра