Особенности аминокислотного состава белка XYND_Bacsu

  1. Последовательность белка XYND_Bacsu в формате Fasta:

    2. >sp|xynD| MRKKCSVCLWILVLLLSCLSGKSAYAATSTTIAKHIGNSNPLIDHHLGADPVALTYNGRVYIYMSSDDYEYNSNGTIKDNSFANLNRVFVISSADMVNWTDHGAIPVAGANGANGGRGIAKWAGASWAPSIAVKKINGKDKFFLYFANSGGGIGVLTADSPIGPWTDPIGKPLVTPSTPGMSGVVWLFDPAVFVDDDGTGYLYAGGGVPGVSNPTQGQWANPKTARVIKLGPDMTSVVGSASTIDAPFMFEDSGLHKYNGTYYYSYCINFGGTHPADKPPGEIGYMTSSSPMGPFTYRGHFLKNPGAFFGGGGNNHHAVFNFKNEWYVVYHAQTVSSALFGAGKGYRSPHINKLVHNADGSIQEVAANYAGVTQISNLNPYNRVEAETFAWNGRILTEKSTAPGGPVNNQHVTSIQNGDWIAVGNADFGAGGARSFKANVASTLGGKIEVRLDSADGKLVGTLNVPSTGGAQTWREIETAVSGATGVHKVFFVFTGTGTGNLFNFDYWQFTQR

  2. Длина последовательности - 513 а.о.

  3. Молекулярная масса белка XYND_Bacsu равна 54421 а.е.м.

    подробнее см. книгу XYND_aa.xls, лист aa_mass.

  4. Аминокислотный состав белка XYND_Bacsu
    АминокислотаЧастота
    A9,36%
    C0,78%
    D4,68%
    E2,14%
    F5,07%
    G13.06%
    H2,73%
    I5,07%
    K4,68%
    L5,26%
    M1,56%
    N7,21%
    P5,27%
    Q1,95%
    R2,53%
    S7,6%
    T6,82%
    V7,6%
    W2,34%
    Y4,29%

    Самые частые аминокислотные остатки - глицин,аланин, валин, серин и аспарагин

    Самые редкие аминокислотные остатки - цистеин, метионин, глутамин, глутаминовая кислота, триптофан

    Как следует из данных наблюдений, в белке XYND_Bacsu довольно много маленьких аминокислотных остатков (достаточно того, что глицина свыше 13%)

    Вычисления проведены с помощью программы Excel, см. книгу XYND_aa, лист aa_frequencies

  5. Средний электрически заряд молекулы равен единице (+9е)

    при pH=7.0 боковые группы аргинина и лизина имеют средний заряд, равный +1е, гистидина - +0,5е, а остатоков аспарагиновой и глутаминовой кислот имеют средний заряд -1е, остальные же практически не заряжены. Поэтому вычисляем количество боковых групп аргинина, лизина, гистидина, а также остатков аспарагиновой и глутаминовой кислот:

    (13+24)*(+1е)+14*(+0.5е)+(24+11)*(-1е)=37е-35е+7е=+9е

  6. Сравнение со средним аминокислотным составом белков Bacillus subtilis, а также с аминокислотным составом мембранных белков этой же бактерии

    Аминокислотный состав белка XYND_Bacsu.

    Средний аминокислотный состав мембранных белков бактерии Bacillus Subtilis

    Протеом бактерии Bacillus subtilis

    Вывод: белок XYND_Bacsu скорее всего немембранный,так как количество гидрофильных аминокислот в нём примерно равное, в то время как в мембральном преобладают гидрофильные аминокислоты

    Подробнее см. книгу XYND_aa.xls лист HPhob_comparison

  7. Дополнительные исследования

    На данный момент отсутствуют