Таблица. Измерение торсионных углов остатка Ile10 в белке XynD_BACSU, цепь А



Название
двугранного
угла 		Угол определяется по координатам атомов
(обращение к атому в соответствие с синтаксисом RasMol,
в скобках - название атома) 		Данный угол описывает
поворот вокруг связи 		Результат измерения
с помощью RasMol
φ
  1. HIS9:A.C (карбонильный углерод 9-го остатка цепи А)
  2. ILE10:A.N (азот в остове 10-го остатка цепи А)
  3. ILE10:A.CA (α-углерод 10-го остатка цепи А)
  4. ILE10:A.C (карбонильный углерод 10-го остатка цепи А)
Ni - C&alphai -53.19o
ψ
  1. ILE10:A.N (азот в остове 10-го остатка цепи А)
  2. ILE10:A.CA (α-углерод 10-го остатка цепи А)
  3. ILE10:A.C (карбонильный углерод 10-го остатка цепи А)
  4. GLY11:A.N (азот в остове 11-го остатка цепи А)
 Cαi - Ci 128.74o
ω
  1. ILE10:A.CA (α-углерод 10-го остатка цепи А)
  2. ILE10:A.C (карбонильный углерод 10-го остатка цепи А)
  3. GLY11:A.N (азот в остове 11-го остатка цепи А)
  4. GLY11:A.CA (α-углерод 11-го остатка цепи А)
 Ci - Ni -179.24o

Пример изображения угла φ

Карты Рамачандрана

  1. Все остатки XynD_Bacsu

    2. Исходя из данных карты - очевидно, что большая часть углов φ являются отрицательными, а ψ - положительными.

  2. Все остатки пролина XynD_Bacsu

    3. Как видно из карты Рамачандрана - положительных углов φ нет (!) Очевидно, что это особенность а.о. пролина. Углы φ принадлежат диапазону (-60, -90); углы ψ распологаются в окрестностях диапозона (0;-30) и (120; 180)

  3. Все остатки глицина XynD_Bacsu

    4. Как видно из карты, большая часть ψ углов глицина равняется либо 0 градусов, либо +/-150 градусов. Стоит отметить "скопление" углов φ на отметке 90 градусов

  4. Все остатки в альфа-спиралях

    5. Как видно из картинки, большинство углов лежат в диапазоне (0 - -60, -60 - -120), что является довольно интересным фактом

  5. Все остатки в бета-листах

    6. Исходя из данных карты, среди углов ψ в бета-листах преобладают значения диапазона (100; 180), а среди φ - (-60;-150). Исходя из данных общей карты Рамачандрана для белка XynD_Bacsu видно, что эти же значения доминируют и там. Из этого можно сделать вывод, что бета-листы преобладают в данном белке.