Создание паттернов аминокислотных последовательностей

 

Характеристика паттерна Паттерн В скольких последовательностях банка Swiss-Prot найден мотив, удовлетворяющий паттерну? Все ли последовательности из Вашего выравнивания найдены?
Фрагмент последовательности [VYAE]-[ASVP]-[LHYN]-[TV]-[YF]-[ND]-G-[RK]-[VL]-Y-I-[YF]-[MPG]-S-[SH]-D-x(0,7)-[NRD]-[SKDF]-[ND]-G 5 Все
Сильный x(3)-[TV]-[YF]-[ND]-G-[KR]-[LV]-Y-I-[YF]-x(1)-S-x(1)-D-x(0,7)-[NRD]-x(1)-[ND]-G 5 Все
Слабый x(4)-[YF]-[ND]-G-[KR]-[LV]-Y-I-[YF]-x(1)-S-x(1)-D-x(2,9)-[ND]-G 5 Все

Таблица должна была показывать важность более точных паттернов, что на более слабые найдется больше вариантов, однако мой белок xynD_Bacsu, к сожалению, не имеет множество гомологов, поэтому число везде одно и то же.

Все описанные в PROSITE мотивы в заданном белке XYND_BACSU

Идентификатор документа PROSITE (AC) Название мотива Краткое описание мотива Тип подписи (паттерн, профиль) Паттерн (регулярное выражение) Специфична ли подпись? Сколько мотивов нашлось в белке?
PS51257 PROKAR_LIPOPROTEIN Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile Профиль MRKK-----------------CSVCLWILVLLLSC ? 1
PS51175 CBM6 CBM6 (carbohydrate binding type-6) domain profile Профиль NRVEAETFAWNGRILTekSTAPGGPVNNQHVTSIQNGDWIAVGNADFGAGGARSFKANVAS-TLGGKIEVRLDsaDGKLVGTLNVPSTGGAQTWREIETAVSGATGVHKVFFVFTGTGTgNLFNFDYWQF ? 1
PS00004 CAMP_PHOSPHO_SITE cAMP- and cGMP-dependent protein kinase phosphorylation site Паттер KKcS ? 1
PS00005 PKC_PHOSPHO_SITE Protein kinase C phosphorylation site Паттерн SgK|TiK|TaR|TyR|TeK|SfK|TwR|TqR ? 8
PS00006 CK2_PHOSPHO_SITE Casein kinase II phosphorylation site Паттерн SsdD|TikD|SsaD|StiD|SiqE|TwrE ? 6
PS00001 ASN_GLYCOSYLATION N-glycosylation site Паттерн NGTI|NWTD|NGTY ? 3
PS00008 MYRISTYL N-myristoylation site Паттерн GAngAN|GAngGR|GGgiGV|GVltAD|GGvpGV|GSasTI|GThpAD|GAffGG|GGggNN|GGgnNH|GAgkHGY|GGpvNN|GAggAR|GGarSF|GGaqTW|GTgtGN|GNlfNF ? 17
PS00007 TYR_PHOSPHO_SITE Tyrosine kinase phosphorylation site Паттерн KppgEig.Y ? 1