ID белка AC белка Число итераций Для первой итерации Для последней итерации
Число находок выше порога (0,005) Худшее E-value выше порога Лучшее E-value ниже порога Число находок выше порога (0,005) Худшее E-value выше порога Лучшее E-value ниже порога
P18196 MINC ECOLI 6 162 0.005 0.005 881 0.002 0.094
P0A832 SSRP_ECOLI 3 514 3e-10 5.4 514 9e-32 0.33
P17265 RP5M_RHIME 4 15 0.005 0.012 25 1e-14 0.03
lcl|76685 xynD_Bacsu 6 8 1e-10 0.016 24 5e-05 0.01

1)

Для второй иттерации Evalue: Best=0,003, Worse=0,008. 189

Для третьей: 0,005 и 0,006. 199

Для четвертой: 0,005 и 0.005. 604

Для пятой: 2e-05. 0.16 885

Для шестой: 0.002 и 0.094. 881

 

2) Для второй иттерации: 5е-31. 0.35. 514 Иттерация сошлась.

Для третьей: 1e-31. 0.036. 514

Для четвертой: 9е-32. 0.33. 514

 

3) Для второй иттерации: 3e-07. 0.016. 24

Для третьей: 0.004. 0.013. 25

Для четвертой: 8e-15. 0.025. 25 Иттерация сошлась.

Для пятой: 1e-14. 0.03. 25

 

4) Для второй иттерации: 0.002. 0.01. 13

Для третьей: 4e-09. 0.02. 16

Для четвертой: 0.002. 0.035. 17

Для пятой: 0.005. 0.006. 19

Для шестой: 5e-05. 0.01. 24

Выводы из данных:

1. Иттерации сходятся либо довольно быстро (2 и 3), либо не сходятся на данном значении (1 и 4). Причиной является явно не количество гомологов (скачек у 1 слишком большой, у 4 не отличается с 3), но, возможно, все же как-то связано с функцией.

2. Разрыв между E-value скачет непрерывно и хаотично. Поэтому нельзя говорить об увеличении или уменьшении разрыва. Однако обычно с первой иттерацией рарыв растет, со второй - уменьшается. Однако в случае xynD_Bacsu это не верно. В добавок значение E-value у одного и того же белка изменяется с каждой новой итерацией.

 

ID белка AC белка Число итераций Для первой итерации Для последней итерации
Число находок выше порога (0,001) Худшее E-value выше порога Лучшее E-value ниже порога Число находок выше порога (0,001) Худшее E-value выше порога Лучшее E-value ниже порога
P18196 MINC ECOLI 4 155 0.001 0.001 188 1е-10 0.003
lcl|76685 xynD_Bacsu 5 8 1e-10 0.015 16 4e-30 0.002

 

Итерации:

Еколи:

2 - 7е-07. 0.004. 188

3 - 3е-10. 0.001. 188. Итерация сошлась

4 - 1е-10. 0.003. 188

 

Баксу:

2 - 3е-04. 0.001. 12

3 - 1е-06. 0.009. 16

4 - 4е-29. 0.004. 16. Итерация сошлась

5 - 4е-30. 0.002. 16.

Выводы из данных:

1. Список стабилизировался на 3 и 4 итерации. Такое изменение произошло, в общем-то, из-за более жестких рамок поиска. Я предполагаю, что основной причиной "несходимости" этих итераций в прошлый раз вызвано различными вариантами последовательностей, которые могли доходить до E-value=0,005, но не до 0,001.

2. Вопрос несколько непонятен. Наверное, 99e-5 подойдет точно