((CLOTE,THETN),((LACDA,ENTFA),(STAES,(LISMO,(BACSU,GEOKA)))));
  

Таксономические ветви

Белок

Реконструкция дерева программой fprotpars

Консервативна только ветвь {CLOTE, THETN}. Прочие ветви сильно изменились. Теперь не существует возможности выделить такую ветвь, чтобы RS7_BACSU было в паре лишь с одним другим белком; в ветви {LACDA,ENTFA} первый таксон был заменен на LISMO. 1 правильная ветвь

Матрица расстояний:

Условие аддитивности: {A,B}+{C,D}={A,C}+{B,D}>{A,D}+{B,C}

Условие ультраметричности: d(A,B) > d (B,C), то d (A,C) = d (A,B)
Пусть A = LACDA; B = ENTFA; C = LISMO.
{A,B}=0,305718; {B,C} = 0,182599; {A,C}=0,322566;
Отклонение от ультраметричности: 0,016848

FNEIGHBOR

Neighbor-Joining

Отличие от правильного дерево в замене ветви {ENTFA,LACDA} на ветвь {ENTFA,LISMO} (как было и в fprotpars), разрушены ветви {{ENTFA,LACDA},{THETN,CLTOTE}}, {LISMO,{GEOKA,BACSU}} . 2 правильные ветви: {BACSU,GEOKA} и {CLOTE,THETN}.

UPGMA

Дерево построенно последовательно: с каждым новым ветвлением отделяется только 1 белок. По структуре как дерево, построенное по методу Neighbor-Joining, исчезла ветвь {ENTFA,LISMO}, но образовалась ветвь {BACSU,GEOKA,LISMO}. 3 верные ветви: {{BACSU,GEOKA},LISMO}, {BACSU,GEOKA}, {CLOTE,THETN}
Алгоритмы реконструкции деревьев

Укоренение в среднюю точку

Сравнивая это дерево с тем, что просто было получено без укоренения, видно, что с укорененным деревом удобнее работать, вдобавок стало более хорошо видно отделение {RS7_CLOTE,RS7_THETN} от прочих групп, поскольку укоренение произошло в ветвь {THETN,CLOTE} (что совпадает с оригинальным деревом).

Использование внешней группы

Изменения здесь намного радикальнее. Во-первых, при добавлении внешней группы оказалось, наиболее близкий к ней белок - RS7_THETN. Также от пар {BACSU, GEOKA} и {ENTFA, LISMO} отдалился белок RS7_STAES, образовалась ветвь {RS7_LACDA,RS7_CLOTE}, причем эта ветвь стала ближе к {{BACSU,GEOKA},{LISMO,ENTFA}}. Укоренение прошло в ветвь THETN. 1 правильная ветвь {BACSU,GEOKA}

Бутстрэп

Применяя этот метод получения филогенетического дерева, была получена 1 правильная ветвь - {THETN,CLOTE} (та же самая ветвь была единственной правильной при использовании fprotpars без бутстрэпа;

Построение дерева по нуклеотидным последовательностям

Построено с помощью fdnaml. Вновь была разрушена ветвь {BACSU,GEOKA}, хотя для RS7 {BACSU,GEOKA} довольно близки. Были разрушены оригинальные ветви {{BACSU,GEOKA},LISMO} и {STAES,{LISMO,{GEOKA,BACSU}}} . Консервативна лишь пара {THETN,CLOTE}, также верна по сравнению с оригиналом ветвь {ENTFA,LACDA}. Таким образом только 2 ветви правильны: {CLOTE,THETN} и {LACDA,ENTFA}.

Выравнивание нуклеотидных последователностей

Дерево, построенное с помощью fdnadist и fneighbor. Единственная верная ветвь - {CLOTE,THETN}. Для сравнения, при использовании fprotdist с fneighbor находятся 2 правильные ветви. Таким образом, лучше использовать белковую последовательность, а если её нет - использовать fdnaml.

Построение и анализ дерева с паралогами

Паралоги: CLPY_BACSU-CLPE_BACSU-CLPX_BACSU-CLPC_BACSU; CLPX_STAES-HSLU_STAES-CLPC_STAES; HSLU_THETN-CLPX_THETN; HSLU_GEOKA-CLPX_GEOKA; HSLU_LISMO-CLPX_LISMO; CLPX_ENTFA-HSLU_ENTFA;

Ортологи: CLPC_STAES-CLPC_BACSY; CLPX_CLOTE-CLPX_THETN; CLPX_GEOKA-CLPX_BACSU; HSLU_ENTFA-HSLU_LACDA; HSLU_GEOKA-CLPY_BACSU; HSLU_THETN-HSLU_LISMO; CLPX_STAES-CLPX_LISMO.

Дерево прекрасно иллюстрирует то, что строить деревья гомологов - это все равно, что строить несколько деревьев сразу для определенного белка разных таксонов. Мы имеем дерево, содержащее древо-ветвь CLPX, древо-ветви HSLU и CLPC. Стоит отметить CLPY_BACSU, каким-то образом попавшее в ветвь HSLU. Правда, отсутствие белка HSLU_BACSU намекает на то, что CLPY выполняет его роль. А так деревья схожи (правда, в одном STAES дальше от BACSU, чем в другом. Также отсутствие CLPX_LACDA не дает нормально оценивать CLPX_ENTFA, как и отсутствие HSLU_CLOTE - HSLU_THETN