Код DacB_Ecoli

Код: eco:3.4.16.4 (3 - гидролаза; 4. - влияет на пептидную связь (пептидаза); 16. - карбоксипептидаза серинового типа; 4 - непосредственно этот фермент);

Реакция: (Ac)2-L-Lys-D-Alanyl-D-Ala +H2O -> (Ac)2-L-Lys-D-Ala + D-Ala;

Диаграма схожего процесса


Метаболические пути с DacB_Ecoli

Локус: eco:b3182


Метаболический путь: eco00550 - peptidoglycan biosynthesis - биосинтез пептидогликана (см. предыдущий практикум). Единственный путь.


Структурные формулы фумарата и цис-аконитата

Фумарат (Fumarate): C00122.


Цис-аконитат (cis-Aconitate): C00417.


Метаболический путь от фумарата до цис-аконитата

Выбранная цепочка ферментативных реакций:

путь: Цикл Кребса (однако в другом пути было указано, что реакции, двусторонние в Кребсе, односторонни. Схема пути под схемой цикла Кребса)

цепочка: цис-аконитат <-> фумарат



Сравнение метаболических путей у разных организмов

Организм Возможна ли цепочка реакций Обоснование
Escherichia coli K-12 MG1655 Нет Не хватает ферментов для образования цитрата.
Archaeoglobus fulgidus Нет Нет путей образования цис-аконитата
Arabidopsis thaliana Да Возможна, поскольку есть все необходимые предметы, чтобы кратчайшим путем проводить реакцию превращения Фумарата в цис-аконитат и обратно. Альтернативный путь односторонний.
Homo sapiens Да Путь абсолютно такой же, что и у Arabidopsis thaliana.

Схема реакции для людей


Сравнение ферментов далеких организмов

Форма запроса: ([swissprot-ECNumber:4.1.1.50] & ([swissprot-ID:*_HUMAN] | [swissprot-ID:*_ARCFU]))

При поиске нужно снять опцию использования маски, чтобы приводились находки только с ЕС кодом 4.1.1.50 (а не 4.1.1.501, 4.1.1.502 и т.д.). Использование HUMAN и ARCFU обусловлено тем, что для аннотации белков принято использовать короткие наименования таксонов, образованные либо исторически {HUMAN), либо из частей полного названия (ARCFU, BACSU)


Результат: две находки: DCAM_HUMAN и SPEH_ARCFU.

Сравнение доменных организаций найденных белков по PFAM.



ID Pfam AC Image
DCAM_HUMAN PF01536
SPEH_ARCFU PF02675

Для человеческого белка описан 1 домен - аденозилметионин декарбоксилаза, для белка археи - S-аденозилметионин карбоксилаза.

Поиск ортологов.

Белок: DCAM_HUMAN;
Ген: AMD1;
Ортолог из архей:
Ген: Nmar_0135;
Организм: Nitrosopumilus maritimus;
Длина выравнивания: 252;
Сходство: 0.273%
Ортолог белка DCAM_HUMAN является ацилнейраминатцитидилтрансферазой

Белок: SPEH_ARCFU;
Ген: speH;
Ортолог из эукариот:
Ген: PHATRDRAFT_7617;
Организм: Phaeodactylum tricornutum;
Длина выравнивания: 94;
Сходство: 0.440%
Ортолог белка SPEH_ARCFU является гипотетическим белком.

Из низких показателей сходства белков можно сделать вывод, что домены сильно различаются. Впрочем, возможны консервативные позиции, отвечающие за функцию данного домена и, соответственно, указывающие на родство. Но это требует тщательного исследования.

Назад