Выравнивание было получено с помощью Clustalw на сайте ebi.
FASTA-файл моего белка
Модифицированная структура без воды с измененными номерами остатков - индекс атомов 130 остатка - А, 131 - B, 132 - C.
Скрипт, с помощью которого проходило моделирование.

Возможные замены:
ASN`103/ND2 - ASN`190/ND2
ALA`107/O - LYS`194/O
VAL`109/N - ALA`196/N
ASN`59/N - Ser`85/N
ASP`52/OD2 - ASN`76/OD1
GLU`35/OE2 - GLU`56/OE2

Полученные структуры очень похожи друг на друга, имеют ярко выраженную петлю.
№1
№2
№3
№4
№5

Оригинал:

Анализ WHATIF

Interatomic bumps
Если между атомами, не связанными водородной связью, расстояние < (2*VDW_радиуса - 0.4 Ангстрема), то такие атомы считаются "наложенными" - поскольку по мнению WHATIF такого сочетания не должно быть. Между связанными не должно быть меньше 0.55 ангстрема.
Полученная структура имеет 377 наложений (что очень много, поскольку оригинал имеет всего лишь 10 (!)).

Secondary structure, symmetry and accessibility
В целом, по данному анализу вторичная структура хоть и отличается от оригинала, но не сильно. Структура крайне доступна для растворителей - впрочем, от петли иного не ожидалось

Ramachandran plot evaluation
Z-score по Рамачандрану, увы, заметно ниже, чем у 1lmp: -3.529 против -0.965