Стартовая конформация порфирина.
Я убрал наиболее "отклонившиеся" водороды из центра
В итоге оптимальная конформация - плоская, в то время как изначально она такой не была.
ENERGY(EV) | Wavelength (nm) |
1.913947 | 648,92 |
2.266563 | 547,97 |
2.463851 | 504,09 |
2.824678 | 439,70 |
3.363044 | 369,31 |
3.390547 | 366,31 |
3.669436 | 338,47 |
3.871728 | 320,79 |
Средняя длина волны: 401 нм, что лежит в фиолетовом спектре
Наложение оригинальной (красная) структуры на оптимальную (зеленая). Как видно, различается длина связи (учитывая, что связь C-O(-) чуть длиннее C=O (по этим связям идет пространственное совпадение, но разница в длине)).
Изначальная конформация тимидинового димера
Оптимальная конформация тимидинового димера
TOTAL ENERGY = -3273.58217 EV
Оптимальная конформация заряженного в N1 тимидинового димера
TOTAL ENERGY = -3253.90834 EV
Оптимальная конформация предыдущей молекулы после потери заряда (разрыв димера)
TOTAL ENERGY = -3273.69661 EV
В итоге последняя конформация оказалась наиболее выгодной энергетически
Назад