Несмотря на различные изменения агрумента buffer, для малой электронной плотности мне не удалось убрать параллелепидный фон
Электронная плотность 1.5
Электронная плотность 2.5
Электронная плотность 3.5
Электронная плотность 1.5
Электронная плотность 2.5
Электронная плотность 3.5
Электронная плотность 1.5 позволяет более точно оценить расположение атомов углерода. Если нужно оценить расположение лишь заряженных атомов, лучше использовать плотность больше. Но при значении 3.5 углеродный скелет практически не виден
Для более быстрого получения оптимального результата проще использовать команду не torsion 15, а torsion 30. На картинке искомый белок (сине-зеленого цвета) с метокй (оранжевая)