Bedtools

Команда	Что делает
bedtools bamtobed -i chr13.1_sorted.bam > chr13.1_sorted.bed	Перевод выравнивания из бинарного формата в формат .bed
bedtools intersect -a /P/y14/term3/block4/SNP/rnaseq_reads/gencode.genes.bed -b chr13.1_sorted.bed -u > chr13.1_sorted.intersect.txt	Поиск пересечения файла в формате .bed (-b) с референсной разметкой генома (-a). Параметр -u обуславливает выдачу строк с ненулевым пересечением

Ген	Локализация	Цепь	Транскрипт	Встречено в пересечении
TPT1	13q14.13	Обратная	Опухолевый белок; 6 экзонов, 5 интронов; 14 продуктов в результате альтернативного сплайсинга	128
TPT1-AS1	13q14.13	Прямая	Некодирующая белок антисмысловая РНК; 22 транскрипта	11
SNORA31	13q14.13	Обратная	Малая ядрышковая РНК, нет альтернативного сплайсинга (1 транскрипт)	6
RP11-290D2	45194220..45355516		Антисмысловый регион хромосомы	4

Команда	Что делает
bedtools bamtofastq -i chr13.1_sorted.bam -fq chr13.1_sorted.fastq	Конвертирует файл из .bam формата в fastq
bedtools cluster -i chr13.1_sorted.bed > chr13.1_sorted.clusters.bed	Чтения из выравнивания (-i) из основного задания были объединены в 20 кластеров
bedtools getfasta -fi chr13.fasta -bed chr13.str.bed > chr13.str.fasta	По координатам в файле формата .bed выдаёт последовательность в fasta