Полученные с помощью пакета инструментов 3D-структуры ДНК: А-форма, B-форма, Z-форма.
В JMol была рассмотрена экспериментально полученная структура А-формы ДНК с pdb id 3v9d. Выбран седьмой тимин.
Красным отмечены атомы, направленные в сторону большой бороздки, синим - в сторону малой.
Таким образом, в сторону большой бороздки обращены атомы T.7.O2, C2, N3, C4, O4, а в сторону малой - T7.C5M, C6.
Рисунок в MarvinSketch
Форма ДНК |
A | B | Z |
Тип спирали |
Правозакрученная | Правозакрученная | Левозакрученная |
Шаг спирали, Å |
28,0 | 35,7 | 43,0 |
Число оснований/виток |
11 | 10 | 12 |
Ширина большой бороздки, Å |
8 [DT]7:A.P - [DC]28:B.P |
17,9 [DC]8:A.P - [DG]29:B.P |
18,3 [DC]6:A.P - [DC]32:B.P |
Ширина малой бороздки, Å |
17 [DT]7:A.P - [DG]37:B.P |
11,7 [DT]7:A.P - [DA]38:B.P |
8,7 [DG]9:A.P - [DG]37:B.P |
Для выполнения следующий заданий использовалась тРНК с pdb id 1j1u,
которому соответсвует комплекс тирозил-тРНК археи с соответсвующей тирозину тРНК и самой аминокислотой.
Таблица с торсионными углами (ссылка).
Угол |
α |
β |
γ |
δ |
ε |
ζ |
χ |
Strand I |
|||||||
tRNA |
-32,52 | 10,91 | 68,14 | 85,12 | -142,42 | -67,26 | -147,55 |
A-форма |
-51,70 | 174,80 | 41,70 | 79,08 | -147,79 | -75,09 | -157,20 |
Модуль разницы |
19,18 | 163,89 | 26,44 | 6,16 | 5,37 | 7,83 | 9,65 |
Средний модуль разности |
34,08 | ||||||
B-форма |
-29,90 | 136,34 | 31,14 | 143,34 | -140,80 | -160,50 | -97,99 |
Модуль разности |
2,62 | 125,43 | 37,00 | 58,10 | 1,62 | 93,24 | 49,56 |
Средний модуль разности |
52,51 | ||||||
Z-форма |
-48,82 | 21,12 | -61,47 | 116,25 | -100,24 | 4,72 | -47,80 |
Модуль разности |
16,30 | 10,21 | 129,61 | 31,01 | 42,18 | 71,98 | 99,75 |
Средний модуль разности |
57,29 | ||||||
Strand II |
|||||||
tRNA |
-29,45 | 72,13 | 54,65 | 88,40 | -145,07 | -70,92 | -144,42 |
A-форма |
-51,70 | 174,80 | 41,70 | 79,09 | -147,79 | -75,10 | -157,20 |
Модуль разности |
22,25 | 102,67 | 12,95 | 9,31 | 2,72 | 4,18 | 12,78 |
Средний модуль разности |
23,84 | ||||||
B-форма |
-29,9 | 136,34 | 31,14 | 143,34 | -140,8 | -160,5 | -97,99 |
Модуль разности |
0,45 | 64,21 | 23,51 | 54,94 | 4,27 | 89,58 | 46,43 |
Средний модуль разности |
40,48 | ||||||
Z-форма |
-48,82 | 21,12 | -61,47 | 116,25 | -100,24 | 4,72 | -47,8 |
Модуль разности |
19,37 | 51,01 | 116,12 | 27,85 | 44,84 | 75,64 | 96,62 |
Средний модуль разности |
61,64 | ||||||
Минимальные средние модули можно наблюдать для разности значений торсионных углов тРНК и полученной в первом задании теоретической структуры ДНК А-формы.
Так, тяжи выбранной тРНК наиболее похожи на А-форму.
Было определено 4-стебля, при этом в паре с координатов 10, вероятнее всего, мы можем наблюдать мисматч.
Неканонические пары оснований отмечены красными кругами на рисунке 1.
Учебные реалии, или список семестров;
© Daniel Igumnov, 2018