3DNA

Вторичная структура тРНК | ДНК-белковые контакты

Задание 1. Предсказание вторичной структуры заданной тРНК.

Для предсказания вторичной структуры заданной тРНК первоначально была использована программа einverted.
Запуск программы со стандартными параметры результата не дал, поэтому за гэп был изменем с 12-ти до 4-х, а минимальный скор до 10-ти.pr3.html
В результате был найдет 1 инвертированный повтор соответствующий акцепторному стеблю.
Также был применен алгортм Зукера для построения вторичной структуры. Результат работы алгоритма намного лучше, чем у einverted.

Рисунок 1. Вторичная структура, полученная в результате работы алгоритма Зукера


Результаты были сравнены с результатом работы find_pair | analyze, полученным в предыдущем практикуме.


Таблица 1. Характеристики структур

Участок структуры

Позиция в структуре согласно find_pair | analyze

Результаты предсказания с помомщью einverted

Результат предсказания по алгоритму Зукера

Акцепторный стебель

 5'-501-507-3'
5'-567-573-3'
7 пар		 7 / 7 7 / 7

D-стебель

 5'-510-513-3'
5'-523-526-3'
4 пары		 0 / 4 4 / 4

T-стебель

 5'-550-554-3'
5'-562-566-3'
5 пар		 0 / 5 5 / 5

Антикодоновый стебель

 5'-540-544-3'
5'-528-532-3'
5 пар		 0 / 5 5 / 5

Общее чило канонических пар

 20 7 20

Задание 2. Поиск ДНК-белковых контактов в заданной структуре

Упражнения 1-2. Поиск и подсчет числа контактов

Сценарии JMol

Задание множеств атомов

Отображение множеств

Нахождение и подсчет ДНК-белковых контактов

Таблица 2. ДНК-белковые взаимодействия

Конакты атомов белка с:

Полярные

Неполярные

Всего

Остатками 2'-дезоксирибозы

 0 9 9

Остатками фосфорной кислоты

 9 2 11

Остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки

 8 10 18

Остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки

 0 0 0

Как видно из таблицы 2, основной вклад в образование комлпекса вносят связи белка с атомами азотистых оснований, смотрящими в сторону большой бороздки.
Контактов с атомами, смотрящими в сторону малой бороздки, найднено не было. Это обусловлено расположением белка.


Упражнения 3. Nucplot

Полученный после конвертации в pdf результат работы nucplot можно найти здесь.


Упражнения 4. Сопоставление результатов Nucplot c пространственной структурой

Как видно из результатов работы программы Nucplot, более двух контаков с ДНК ни один аминокислотных остаток не образует.
Один из таких аминокислотных остаток - 78 лизин цепочки B.

Вероятно, самым важным аминокислотным остатком для распознавания ДНК является 74 аргенин цепи А, потому что он образует сразу 2 полярных контакта с гуанином 2005 цепи D.
В отличие от других аминокислот с двумя контактами с ДНК, которые, как правило, являются контактами с фосфатной группой, аргинин связан непосредственно с азотистым основанием, что является более специфичным => важным взаимодействием для образовния комплекса.



Полезные ссылки:

Главная страница;

Профайл;

Учебные реалии, или список семестров;

Официальный сайт ФББ МГУ.

© Daniel Igumnov, 2018