Обратная цепь в .fasta формате
| |
| |
Как видно из предыдущих двух рисунков на хроматограмме пик 49-го тимина прилип к пику 48-го аденина. На обратной хроматограмме же четко видно, что это отдельный пик и ошибки секвенирования нет, там действительно ясно определен тимин.
 |
 |
Пик цитозина 36 "затерялся" между пиков двух соседних гуанинов на хроматограмме прямой цепи. На обратной же мы видим его четче. Вернее, пики гуанинов не такие яркие, за счет чего цитозин смотрися нормально, даже несмотря на усиленный шум тимина.
 |
 |
Как видно из хроматограммы обратной цепи (верхняя картинка), пик гуанина "заехал" на меньший пик тимина, за счёт чего программа не смогла определить нукдеотид. На прямой же хроматограмме пик гуанина "чище". За счёт этого мы может четко определить тимин в этом месте.
 |
 |
Несмотря на хорошо видный пик цитозина 383, программа не определила его. Вероятно, из-за большого пика соседнего тимина. На прямой хроматограмме (снизу) пик цитозина виден хорошо.
Нечитаемые 5' участки для прямой и обратной последовательностей соответственно: 1-25; 1-12. Аналогичное для 3': 712-717; 690-722.
Отношение сигнала к шуму: 10 : 2.
Обе хроматограммы хорошо читаемы, уровень шума низкий, пики хорошо различимы, количество проблемных нуклеотидов мало. Сигналы идут с примерно равными расстояниями между пиками
Неравномерность силы сигнала присутствует, но в малом количестве (~<15).
| 
|
В качестве примера приведем 5' и 3' концевые нечитаемые участки хроматограммы прямой последовательности.
Как видно из фрагментов, определить нуклеотид тяжело невозможно, так как пики накладываются друг на друга, непериодичны, очень широкие. Несмотря на то, что шум не преобладает в целом, определить нуклеотид всё равно невозможно.
На второй же картинке шума больше, чем на первой, поэтому на ней нуклеотиды тяжело определить также из-за того, что пик потенциального сигнала равнозначен шуму.
Учебные реалии, или список семестров;
© Daniel Igumnov, 2018