Нуклеотидный Blast

Таксономия и функция гена

Первоначально была составлена консенсусная последовательность с помощью программы consambig пакета EMBOSS.
Далее с помощью BlastN были найдены 2 лучших совпадения со 100% идентичностью, 90% покрытием и нулевым E value. Выбранные записи соответствуют гену субъединицы цитохромоксидазы 1 c идентификаторами ADJ35763.1 и ADJ35722.1. Организм: Polycirrus medusa , семейства Terebellidae.

Таблица 1. Разные варианты Blast

Рисунок 1. Результат megablast

Рисунок 2. Результат default blastn

Рисунок 3. Результат sensitive blastn

На основании полученных результатов можно сделать вывод о том, что Megablast работает гораздо более строго, пересекая большее количество находок и, следовательно, выдавая только последовательности, которые ближе всего к исходной. Он подходит для поиска близкородственных последовательностей, работает довольно быстро. Blastn sensitive хорошо подходит для точного выравнивания высококонсервативных участков ДНК, а не целых генов. Таким образом, неудивительно, что выдача megablast наименьшая.

Таблица 2. Разные варианты Blast (рРНК)

Были использованы последовательности тРНК AY863212.1 и рРНК AY863212.1 с различными параметрами. Общий параметр: поиск внутри семейства Terebellidae без рода Polycirrus. Бластование успехом не увенчалось.

Поиск гомологов в неаннотированном геноме

Был проведён поиск гомологов трёх белков: HSP71_YEAST, шаперон HSP70, белок теплового шока; PRPC_EMENI, митохондриальная цитратсинтаза;TBB_NEUCR, тубулин, белок, участвующий в образовании микротрубочек. Поиск производился с помощью tblastn на kodomo. В качестве базы данных был использован неаннотированный геном Amoeboaphelidium protococcarum
Была создана локальная база данных с помощью команды "makeblastdb -in X5.fasta -dbtype nucl", а далее с помощью tblastn были определены кодируемые белки.

Таблица 3. Гомологи в неаннотированном геноме

Из таблицы мы видим, что у нас есть 3 находки, принадлежащие scaffold-199, scaffold-96 и scaffold-423. Исходя из значений e-value и процента идентичности, последние 2 яляются гомологами и выполняют ту же функцию, что и исходный белок. Scaffols-199 имеет 2 участка, гомологичных исходному белку, но, так как длина второй части выравнивания очень мала, можем предположить, что она не оказывает влияния на функцию белка, а потому будем считать, что белок имеет 3 гомолога в данном неаннотированном геноме.

На основании длины последовательности e-value и процента идентичности, мы не можем сделать однозначного вывода о том, что scaffold-693 и scaffold-15 являются гомологами нашего белка, но они определенного содержат гомологичные участки(причём одни и те же в сразу двух скэффолдах).

На основании процента идентичности и e-value можно сделать вывод, что unplaced-665 и scaffold-26 являются гомологами нашего белка.

Поиск гена в контиге

Для поиска генов был выбран scaffold-6 длиной 53904 п.н. и использован алгоритм blastx.

Таблица 4. Поиск гена в контиге

Наибольшее сходство в результате работы blastx было найдено с геном, транскрипт которого: "5-methyltetrahydropteroyltriglutamate-homocysteine". Он присущ хитридиомицетам. S-methyltransferase"

Карта локального сходства Bacillus

В целом Bacillus subtilis strain SRCM103576 и Bacillus vallismortis strain DSM 11031 содержат схожий геном.
Однако мы можем наблюдать участки с делецией и инверсией, дупликацией.

Полезные ссылки:

Главная страница;

Профайл;

Учебные реалии, или список семестров;

Официальный сайт ФББ МГУ.

© Daniel Igumnov, 2018