MEGA7

Филогенетическое дерево

Таблица 1.Выбранные организмы

Видовое название (полностью)	Мнемоника	Таксономия (Bacteria; Proteobacteria;)
Aromatoleum aromaticum	AROAE	Betaproteobacteria; Rhodocyclales; Rhodocyclaceae; Aromatoleum
Brucella suis	BRUSU	Alphaproteobacteria; Rhizobiales; Brucellaceae; Brucella
Escherichia coli	ECOLI	Gammaproteobacteria; Enterobacterales; Enterobacteriaceae; Escherichia
Neisseria meningitidis	NEIMA	Betaproteobacteria; Neisseriales; Neisseriaceae; Neisseria
Pasteurella multocida	PASMU	Gammaproteobacteria; Pasteurellales; Pasteurellaceae; Pasteurella
Polynucleobacter asymbioticus	POLAQ	Betaproteobacteria; Burkholderiales; Burkholderiaceae; Polynucleobacter
Rhizobium meliloti	RHIME	Alphaproteobacteria; Rhizobiales; Rhizobiaceae; Sinorhizobium/Ensifer group; Sinorhizobium
Roseobacter denitrificans	ROSDO	Alphaproteobacteria; Rhodobacterales; Rhodobacteraceae; Roseobacter

Скобочная формула дерева:

(((ECOLI, PASMU), (NEIMA,(AROAE,POLAQ))), (ROSDO, (BRUSU, RHIME)));

Рисунок 1. Филогенетическое дерево

Нетривиальные ветви дерева:

{ECOLI, PASMU} против {NEIMA, AROAE, POLAQ, ROSDO, BRUSU, RHIME}
{AROAE, POLAQ} против {ECOLI, PASMU, NEIMA, ROSDO, BRUSU, RHIME}
{NEIMA, AROAE, POLAQ} против {ECOLI, PASMU, ROSDO, BRUSU. RHIME}
{ECOLI, PASMU, NEIMA, AROAE, POLAQ} против {ROSDO, BRUSU, RHIME}
{BRUSU, RHIME} против {ECOLI, PASMU, NEIMA, AROAE, POLAQ, ROSDO}

Ортологи и паралоги

Из дирректории /P/y17/term4/Proteomes были скопированы протеомы выбранных бактерий и далее, с помощью cat *.fasta >> seqc.txt были собраны в один файл.
С помощью команды makeblastdb -in seqc.txt -dbtype prot была создана локальная база данных.
Поиск был проведен с помощью blastp -query CLPX_ECOLI.fasta -db seqc.txt -out match.txt -evalue 0.001
Найденные мнемоники были взяти из match.txt и выравнены с помощью JalView и Fetch Sequences. Алгоритм: Muscle с параметрами default.
Выравнивание было сохранено в формате .fasta и открыто в MEGAX для построения филогенетического дерева. Использован алгоритм Maximum likelihood.

Выводы:

Белки с мнемониками CLPX, HSLU, RUVB являются ортологами, так как они гомологичны и представлены в разных организмах.
Паралогами являются белки с мнемоникой CLPX, HSLU, Q92M98 бактерии с мнемоникой RHIME. Они возникли в результате дупликации.

Полезные ссылки:

Главная страница;

Профайл;

Учебные реалии, или список семестров;

Официальный сайт ФББ МГУ.