Геномное окружение. База данных GO

AC белка: AMW33278.1 | Идентификатор КОГа: COG1712 | E-value: 6,87e-79 | Interval: 1-243 | Длина белка: 243 а.о.
Название КОГа на английском: Predicted dinucleotide-utilizing enzyme | Название КОГа на русском языке: Предсказанный утилизирующий динуклеотиды фермент

Визуализация геномного окружения с помощью COGNAT

Изображение 1. Геномное окружение КОГа у разных организмов

Цветом отмечены гены, которые встречаются более определенного числа раз. Параметр Occurrence Threshold (%). Выбранное значение: 20

Параметр Neighborhood Size определяет размер "рамки", то есть число соседних генов. Было выбрано значение 9 => рассматривались по 4 гена с каждой стороны от нашего КОГа.

Параметр Taxonomy определяет сортировку по таксономии. Выбранное значение: "Нет".

Близкое последовательное расположение COG1712, COG0379 и COG0157 свидетельсвует об их функциональной зависимости,а у Pyrobaculum aerophilum наблюдается сшивка COG1712 и COG0157

Отнесение белка аспартат дегидрогеназы из Fervidobacterium islandicum к терминам GO

P-value лучшей находки: 2.1e-22 | Название: Probable L-aspartate dehydrogenase | Организм: Ruegeria pomeroyi
Белки функционально одинаковы, по длине отличаются на 41 а.о., совпадают на 32%, вес выравнивания - 260.

Таблица 1. Термины GO, отнесенны к белку с идентификатором Uniprot Q5LPG8 (ASPD_RUEPO)

Аспект	Идентификатор GO	Название термина	Перевод названия термина	Код типа достоверности
Биологический процесс (Biological process)	GO:0008150	physiological process	физиологический процесс	ND
Клеточный компонент (Cellular component)	GO:0005575	cell or subcellular entity	клеточная или внутриклеточная частица	ND
Молекулярная функция (Molecular function)	GO:0003674	molecular function	молекулярная функция	ND

Таблица 2. Описание кодов достоверности, использованных в Таблице 1.

Код типа достоверности	Расшифровка кода типа достоверности	Объяснение
ND	No Data (No Biological Data Available)	Код присваивается ГО термину в случае отсутстия экспериментальных данных

Выводы:

Вероятно, данный процент идентичности белков настолько мал, что переносить термины с одного белка на другой некорректно. Найденные GO термины имеют огромное число потомков и являются неспецифичными терминами.
Судя по всему, как раз отсутсвие экспериментальных данных и обуславливает находку только broad терминов.