Трансмембранные белки

	Lipoprotein signal peptidase	Outer membrane protein G (OMPG), closed state
PDB ID	5dir	2iww
Толщина гидрофобной части белка в мембране	29,8 ± 1,9 Å	24.7 ± 1.4 Å
Координаты трансмембранных спиралей	1(10-30), 2(68-89), 3(97-118), 4(141-157)	1(6-16),2(31-40),3(43-50),4(68-78),5(83-92),6(111-121),7(126-135),8(151-160),9(165-173),10(192-200),11(204-212),12(234-242),13(248-257),14(270-279)
Среднее количество остатков в одной трансмембранной спирали (или одном β-тяже) белка	20,5	9,8
Локализация	Грам-отрицательная внутренняя мембрана бактерий	Грам-отрицательная внешняя мембрана бактерий
Изображение

Анализ предсказания трансмембранных спиралей

Предсказания TMHMM расположения цепей A, B, C и D соответственно

Красным цветов обозначена вероятность того, что данный а.о. является трансмембранным (располагается в мембране), розовым - вероятность нахождения снаружи мембраны, синим - вероятность нахождения внутри, в цитоплазме.

Предсказания Phobius расположения цепей A, B, C и D соответственно

Серый цвет - вероятность нахождения в мембране, синий - снаружи мембраны, зелёный - внутри клетки, красный - вероятность того, что белок является сигнальным

Выводы:

Программы спарвились с задачей одинаково, так как оба алгоритма основаны Марковских моделях и сравнении данной а.о. с "базой" из 160 белков, для которых положение спиралей известно.

База данных TCDB

Белок с pdb id 2iww был обнаружен в базе.

TCID: 1.B.21.1.1

Расшифровка:

1. Белковые каналы, способствующие облегченной диффузии

1.B Белки, позволяющие вещества проходить через мембрану без затрат энергии. Трансмембранные фрагменты белков состоят только из β-тяжей, которые формируют так называемую "бочку" (бета-бочечные порины)

1.B21 Семейство, состоящее из OmpG и OmpL (Outer-Membrain Porin)

1.B21.1 Подсемейство

1.B21.1.1 Наш белок