A- и В- формы ДНК. Структура РНК

 Задание 1.

    С помощью инструментов пакета 3DNA были построены модели структур A-, B- и Z-формы ДНК. Последовательностью одной из нитей дуплекса каждой формы ДНК, представляет собой 5 раз повторенная последовательно "gatc" (в случае с Z-фомрой это последовательность "gcgc").
A-форма

B-форма

Z-форма

 Задание 2.

    В программе JMol был открыт файл с B-формой ДНК из первого задания. В данной структуре были рассмотрены атомы 6-го аденина. На рисунке 1. представлено изображение аденина, где синим цветом выделены атом "смотрящие" в сторону малой бороздки, а красным в сторону большой бороздки ДНК. В таблице 1. представлена та же самая информация для каждого атома по отдельности.

"Смотрящие" в сторону большой бороздкиN6, C6, C5, N7, C8
"Смотрящие" в сторону малой бороздкиN9, C4, N3, C2, N1 (скорее "смотрит" в сторону малой)
Рисунок 1.Таблица 1.

Для получения данных для Таблицы 2. была использована также программа JMol и структуры, полученные в первом задании.

A-форма B-формаZ-форма
Тип спирали (правая или левая)праваяправаялевая
Шаг спирали (Å)28.0333.7543.50
Число оснований на виток111012
Ширина большой бороздки16.81 (12:A.P - 31:B.P)17.21 (13:A.P - 25:B.P)23.51 (2:A.P - 14:B.P)
Ширина малой бороздки7.98 (14:A.P - 21:B.P)11.69 (15:A.P - 30:B.P)7.20 (9:A.P - 15:B.P)
Таблица 2.

 Задание 3.

    Для выполнения этого задания были использованы раннее заданные ДНК(1H9T) и тРНК(2CV1). Были определенны значения торсионных углов тРНК, и я пришла к выводу, что эта структура больше всего похожа на А-форму ДНК.

    В Таблице 3. представлены средние значения торсионных углов в структурах ДНК и тРНК.

    В тРНК самым отклоняющимся нуклеотидом стал 12-й гуанин, а в ДНК 16-й цитозин.
α βγδεζχ
ДНК-36,43-34,1215,20141,34-12,07-110,73-112,1
тРНК-46,79172,5846.8185,6-133,59-54,01-137,55
Таблица 3.

Далее было необходимо определить нуклеотиды, образующие стебли во вторичной структуре тРНК, неканонические пары оснований в этой же структуре, а также дополнительные водородные связи, стабилизирующие её третичную структуру.

На Рисунке 2. разными цветами выделены пары оснований, образующие стебли во вторичной структуре тРНК. Черным цветом выделены водородные связи, стабилизирующие её третичную структуру. Среди выделенных черным цветом 14-ая пара оснований - неканоническая.
Рисунок 2.
[назад]
© Бартыш Катя