Структура металло-β-лактамазы Bradyrhizobium japonicum
Информация взята из бд PDB, картинки созданы с помощью PyMOL
1. Описание
Металло-β-лактамазы - фермент гидролаза (белок). Биологическая единица состоит из одной полимерной цепи, а ассиметрическая единица из 2. Длина цепочки 274 а/к, в которой присутствует приблизительно одинаковое количество α-спиралей и β-слоев.
Данный белок принадлежит Bradyrhizobium diazoefficiens. Id в базе UniProt - Q89GW5. Функция - разрушение β-лактамных антибиотиков, используемых в медицине. Другими словами, белок обеспечивает резистентность к некоторым антибиотикам. Мутаций и модифицированных аминокислот в последовательности нет.
Из малых молекул присутствует вода и ион цинка(id - ZN). Цинк присутствует из за добавления буфера HZN, который содержит 50 μМ ZnSO4. Ион металла необходим белку для осуществления каталитической активности [1].
В молекуле присутствует большое количество стэкинг-взаимодействий, в большинстве Т-стэкинг. В цепочке есть всего 2 цистеина, причем они образуют дисульфидную связь. Также есть солевой мостик между 2 α-спиралями.
Файл со строками, содержащими ион цинка в pdb белка - ZN.pdb. Файл со строками, содержащими воду в pdb белка - H2O.pdb.
2. Общий вид
3. Связи внутри белка
