В первом задании были построены дуплексы ДНК, последовательность одной нити = пять раз повторенное GATC. Для этого была использована команда fiber из пакета 3DNA. Соответствующие файлы можно скачать по ссылкам: А-форма, В-форма, Z-форма.

---

---

---

---

Previous Next

Во втором задании сгенерированная A-форма была сравнена с экспериментально полученной структурой (3v9d). Также был определены характеристики всех трех форм ДНК, результат представлен в Табл. 1. Далее я выбрал четвертый цитозин и определил, что в сторону малой бороздки у него смотрят 1 и 6 атомы цикла, а все остальные в сторону большой бороздки.

В третьем задании я анализировал тРНК (1FFY). При помощи пакета 3DNA я определил номера нуклеотидов, образующие стебли: 1-7 и 72-66, 49-53 и 65-61, 38-44 и 32-26, 10-13 и 25-22. В структуре тРНК присутствуют также неканонические пары оснований U-G (5-68, 65-49, 55-18), U-A (54-58, 8-14), G-A (26-44), U-U (33-36), A-C (38-32) и дополнительние водородные связи, стабилизирующие третичную структуру, в положении 19-56.