Поиск гомологов белка CLPX_ECOLI

Для выполнения данного задания я нашел гомологи белка CLPX_ECOLI в протеомах выбранныз бактерий при помощи blastp с порогом E-value 0.001. Выдача Бласта представлена ниже:

sp|Q8ZC66|CLPX_YERPE ATP-dependent Clp protease ATP-binding subun... 805 0.0

sp|Q3SI99|CLPX_THIDA ATP-dependent Clp protease ATP-binding subun... 642 0.0

sp|Q62JK8|CLPX_BURMA ATP-dependent Clp protease ATP-binding subun... 617 0.0

sp|A4SXD7|CLPX_POLAQ ATP-dependent Clp protease ATP-binding subun... 613 0.0

sp|Q8G0I5|CLPX_BRUSU ATP-dependent Clp protease ATP-binding subun... 586 0.0

sp|A5FX05|CLPX_ACICJ ATP-dependent Clp protease ATP-binding subun... 583 0.0

sp|A1B1H7|CLPX_PARDP ATP-dependent Clp protease ATP-binding subun... 580 0.0

sp|A1B5T0|HSLU_PARDP ATP-dependent protease ATPase subunit HslU O... 103 3e-24

sp|Q8ZJJ5|HSLU_YERPE ATP-dependent protease ATPase subunit HslU O... 95.1 2e-21

tr|A5FYD7|A5FYD7_ACICJ ATP-dependent protease ATPase subunit HslU... 92.0 2e-20

sp|Q8FY12|HSLU_BRUSU ATP-dependent protease ATPase subunit HslU O... 90.9 4e-20

tr|Q3SFW1|Q3SFW1_THIDA ATP-dependent protease ATPase subunit HslU... 86.7 1e-18

sp|Q62F00|HSLU_BURMA ATP-dependent protease ATPase subunit HslU O... 82.4 4e-17

tr|A0A5P8YGZ0|A0A5P8YGZ0_YERPE ATP-dependent Clp protease ATP-bin... 51.2 5e-07

tr|A1B8N4|A1B8N4_PARDP ATP-dependent Clp protease, ATP-binding su... 50.1 1e-06

tr|A0A5P8YB42|A0A5P8YB42_YERPE ATP-dependent protease OS=Yersinia... 46.2 2e-05

tr|A0A5P8YCE6|A0A5P8YCE6_YERPE ATP-dependent zinc metalloprotease... 45.8 2e-05

tr|A0A0H3GCZ6|A0A0H3GCZ6_BRUSU ATP-dependent zinc metalloprotease... 45.4 3e-05

tr|A5FVF9|A5FVF9_ACICJ ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH OS... 44.7 6e-05

tr|A1AZV8|A1AZV8_PARDP ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH OS... 44.3 7e-05

tr|A0A0H2WJ72|A0A0H2WJ72_BURMA ATP-dependent zinc metalloprotease... 43.9 8e-05

tr|Q3SJR4|Q3SJR4_THIDA ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH OS... 43.5 1e-04

sp|A1AZW1|RUVB_PARDP Holliday junction branch migration complex s... 43.1 1e-04

tr|A4SXL5|A4SXL5_POLAQ ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH OS... 43.5 1e-04

tr|Q3SJH1|Q3SJH1_THIDA ATP-dependent Clp protease, ATP-binding su... 42.7 3e-04

tr|A1BBJ2|A1BBJ2_PARDP ATP-dependent zinc metalloprotease FtsH OS... 41.6 5e-04

tr|A1AY35|A1AY35_PARDP Chaperone protein ClpB OS=Paracoccus denit... 41.6 6e-04

tr|Q3SKL1|Q3SKL1_THIDA Chaperone protein ClpB OS=Thiobacillus den... 40.8 0.001

Построение дерева гомологов

Далее было построено дерево с помощью программы FastME со 100 реплирами бутстрепа. Ниже представлены схемы полученоого дерева. Цветами обозначены группы орготологичных белков. Ортологами являются, например, CLPX_YERPE и CLPX_THIDA, HSLU_YERPE и HSLU_PARDP, A1AY35_PARDP и Q3SKL1_THIDA. А паралоги это гомологичные белки одного организма, например, A1BBJ2_PARDP и A1AY35_PARDP, CLPX_YERPE и A0A5P8YGZ0_YERPE, A5FYD7_ACICJ и A5FVF9_ACICJ.

На данном дереве показано 3группы ортологов:

CLPX - АТФ-связывающая субединица АТФ-зависимой протеазы Clp. В эту группу входят все 7 белков выбранных бактерий. Топология не совпадает с исходынм деревом.

HSLU - АТФ-зависимая субединица АТФ-зависимой протеазы HslU. В эту группу входят 6 белков выбранных бактерий (кроме POLAQ). Топология соответствует исходной.

FTSH - АТФ-зависимая цинковая металлопротеаза FtSH. В эту группу входят 8 белков выбранных бактерий (у PARDP есть два белка FtSH). Топология совпадает с исходным деревом, если не учитывать белок A1BBJ2_PARDP.