Описание программ

Раздел BASH

bash - одна из наиболее популярных современных разновидностей командной оболочки UNIX и особенно популярна в среде Linux, где она часто используется в качестве предустановленной командной оболочки.

Стандартные потоки и работа с ними:

Существуует 3 вида потоков: stdin, stdout, stderr.

stdin - стандратный поток ввода - содержит информацию, которую человек набирает на клавиатуре во время работы программы. Этот поток с номером 0.
stdout - стандратный поток вывода - используется для вывода данных. Этот поток с номером 1.
stderr - стандратный поток ошибок - используется для вывода диагностических и отладочных сообщений в текстовом виде. Этот поток с номером 2. Информация, подающаяся на вывод, содержит стандартные потоки stdout и stderr.

Способы перенаправления вывода информации:

  • Символ 2> переводит стандартный поток stderr в "файл", если же в файле уже что-то было написано, то вся предыдущая информация сотрется.
  • Символ 2>> переводит стандартный поток stderr в "файл", но не стирает предыдущую информацию, а просто дописывает нужный нам поток в конец файла.
  • Символ >& переводит стандартный поток stdout и стандартный поток stderr в "файл".
  • Символ > переводит стандартный поток stdout в файл , если же в файле уже что-то было написано, то вся предыдущая информация сотрется.
    • Примеp: infoseq sw:tena_bacsu > tena_bacsu.txt
  • Символ >> переводит стандартный поток stdout в файл, но не стирает предыдущую информацию, а просто дописывает нужный нам поток в конец файла.
    • Пример: infoseq sw:tena_bacsu >> tena_bacsu.txt
  • Символ | переводит стандартный поток stdout одной программы, как стандартный поток stdin другой.
    • Пример: ls | wc

    Для управления командами в bash также существуют специальные символы:

  • Пробел и символ табуляции отделяют параметры друг от друга.
  • Кавычки и обратная косая черта ("",'', \) используются для передаче программам параметров, содержащих спецсимволы (например, имен файлов с пробелами).

    • В двойных кавычках символы $ и ` (обратные кавычки) сохраняют специальное значение (вызов содержания переменной и подстановка вывода другой команды соответственно); кроме того, сочетание \$ превращается в (буквальный) символ $, \" — в символ ", а \` — в символ ` (обратная кавычка). Все остальные символы воспринимаются буквально.
  • Сочетание \ с любым символом превращается в этот символ.
  • Звездочка *, вопросительный знак ? и квадратные скобки [ ] используются для "масок" имен файлов. Например [0-9]* превращается bash в список всех файлов текущей директории, чье название начинается с цифры.
  • Символы >, < и | предназначены для работы со стандартными потоками .
  • Символ ! можно использовать для вызова команды из журнала команд (просмотреть журнал можно, выполнив команду history).
  • Пользуясь символом ; можно исполнить одной строкой последовательность из двух или более команд — этот символ разделяет строку на последовательно выполняемые команды.
    • Для выполнения заданий мы использовали символ ‘звездочка (*)‘. Напримеp: infoseq sw:*ten*_bacsu.

    Раздел EMBOSS

    EMBOSS (the European Molecular Biology Open Software Suite) - Европейский пакет открытого программного обеспечения по молекулярной биологии. Программы пакета работают с различными форматами входных данных и обеспечивают эффективный поиск необходимых последовательностей в сети.

    Программа infoseq

    Описание команды infoseq и ее параметров

    Параметр Применение Пример Результат
    -outfile Указание имени файла для вывода информации. infoseq sw:tena_bacsu -outfile kate.txt Записывает информацию в файл kate.txt См. файл.
    -columns С помощью boolean (Y и N) можно применить или отключить оформление вывода в виде колонок. (см. далее -delimiter). infoseq sw:tena_bacsu -columns n Вывод информации без разделения на колонки, её части отделены друг от друга разделителем | (по умолчанию). См. файл.
    -delimiter Выбор разделителя для информации в полученном тексте. Можно использовать любые символы для разделения записи разной информации. Например, используем . в качестве разделителя:
    infoseq sw:tena_bacsu -columns n -delimiter '.'    		 Вывод информации без разделения на колонки, её части отделены друг от друга точкой. См. файл.
    -html Форматирование получаемой таблицы как HTML-таблицы. infoseq sw:tena_bacsu -html HTML-таблица с информацией о белке TENA_BACSU из банка SwissProt. См. файл.
    -heading Отображение заголовков колонок. infoseq sw:tena_bacsu -heading n Таблица из одной строки с информацией по умолчанию. См. файл.
    -help Отображение описания программы. infoseq -help Таблица информации о команде См. файл.
    -only Отображение только указанных пользователем параметров. infoseq sw:tena_bacsu -only -name -accession -length Таблица из двух строк: строки с параметрами и строки с соответствующими значениями. См. файл.
    © Nosikova Kate, 2012