Учебный сайт Ксении Худяковой

В этом практикуме в каждом задании нужно будет сравнивать деревья, полученные разными способами, с правильным деревом, которое получено с помощью NCBI Taxonomy (рисунок 0).

Рисунок 0.

1. Укоренение в среднюю точку

Для укоренения полученного ранее дерева была использована программа retree пакета PHYLIP. Сеанс работы в ней показан на рисунке 1.

Рисунок 1.

Полученную запись можно открыть в программе MEGA (рисунок 2)

Рисунок 2.

Укоренение произошло между ветвями (CLOTE,CLOB1) и (STRP1,BACSU,STAA1,LACAC,ENTFA). Такое укоренение согласуется с данными с NCBI. Ещё одна общая ветвь с правильным деревом - это ветвь (STAA1,BACSU). Однако бактерии (LACAC,ENTFA,STRP1) должны образовывать отдельную ветвь, чего не произошло.

2. Использование внешней группы

В этом задании нужно было построить дерево с использованием внещней группы. В моём случае в качестве внешней группы была взята последовательность белка шаперонина бактерии E.coli. Полученное выравнивание было подано на вход программе MEGA. Полученное дерево показано на рисунке 3. MEGA выдаёт неукорененное дерево, поэтому нужно было укоренить его вручную в ветвь E.coli.

Рисунок 3.

Этим методом так же не удалось правильно восстановить дерево.

3. Бутстрэп

Далее был проведен бутстрэп-анализ взятых белков с чилом реплик 100. Полученное дерево представлено на рисунке 4. Неправильные ветви имеют меньшую поддержку (около 40), чем правильные (около 100)

Рисунок 4. Слева: "Оригинальное дерево" с весами ветвей, справа: консенсусное дерево.

Топология оригинального и консенсусного деревьев не отличается.