Учебный сайт Ксении Худяковой

Занятие 6. База данных STRING

1. Граф взаимодействий

Я использовала белок из бактерии Thermococcus barophilus MP (идентификатор YP_004071041.1), он нашелся в базе данных STRING. Это цистеиновая десульфираза. Для него был проведен поиск различного рода взаимодействий в этой базе, полученный граф представлен на рисунке 1.

Рисунок 1. Граф, показывающий взаимодействия белка YP_004071041.1 с другими белками.

Разными цветами показаны разные типы взаимодействий:
зелёным показано соседство в геноме
красным показано слияние генов
филетовым показаны экспериментально подтвержденные взаимодействия
желтым показаны взаимодействия, показанные в некоторых работах

Кружочками разного цвета показаны разные белки:
зелёным - TERMP_00840 гипотетический белок
Бежевым - TERMP_00839 скаффолдовый белок для Fe-S кластеров
Светло-голубым - TERMP_01420 белок, участвующий в биосинтезе тиамина
Темно-голубым - TERMP_011 эндонуклеаза
Фиолетовым - TERMP_01164 белок, участвующий в биосинтезе тиамина

2. Геномное окружение

Рисунок 2. Дерево организмов, отражающее геномное окружение данного белка.

Разными цветами показаны разные гены:
Бежевым - скаффолдовый белок Fe-S кластеров
Зелёным - гипотетический белок
Светло-голубым, синим и фиолетовым - белки, участвующие в биосинтезе тиамина

То же самое, но дерево в полном варианте.

В таксоне Firmicutes практически у всех представленных видов мой белок соседствует с белком, транспортирующим серу. Мой белок убирает серу с цистеина, поэтому кажется, что они могут быть взаимосвязаны. Так же в самых разных группах очень часто мой белок соседствует со скаффолдовым белком Fe-S кластеров. Возможно, он приносит туда серу.

Рисунок 3. График частот совместной встречаемости генов. Цвет квадратиков меняется от белого через красный до черного, что отражает соответственно более низкую или более высокую встречаемость. Полные квадратики говорят о том, что ген встречается у всех представителей данного таксона, неполные - что только у некоторых.

На рис.1 соседство в геноме показано для всех рассматриваемых белков, а на развернутом дереве видно, что соседствуют с моим белком очень часто только два, а остальные белки оказываются рядом только один-два раза на всё дерево. Сказать, что мой белок соседствует с какими-то по рис.3 нельзя.