Чтения из предыдущего практикума будут картированы на геномы хлоропласта и митохондрии резуховидки. Для этого будет использована программа BWA. Последовательности геномов хлоропласта и митохондрии были скачаны и объединены в один файл. Для начала геномы нужно было проиндексировать с помощью команды:
bwa index genomes.fastaКартирование произведено с помощью команды:
bwa mem genomes.fasta f1.fastq > out.sam
Пакет программ samtools работает с полученными выравниваниями. Первой строкой файл был переведен в формат .bam (опция -b - формат выходного файла, опция -S - формат исходного файла, опция -h - включение заголовка), потом полученный файл был отсортирован и проиндексирован.
samtools view -b -S -h out.sam > out.bam
samtools sort out.bam out_sorted
samtools index out_sorted.bam
samtools idxstats out_sorted.bam
В таблице ниже, которая получилась после выполнения последней команды, отражены название последовательности, на которую производилось картирование (AP000423.1 - хлоропласт, Y08501.2 - митохондрия), длина последовательности и количество чтений, откартированных на неё.
Далее необходимо было рассчитать среднее покрытие для органелл. Команда
samtools depth out_sorted.bam > cover.txtвыдает таблицу с рядами чисел, каждое из которых соответствует покрытию для нуклеотида. Взяв среднее значение, я получила, что для хлоропласта среднее значение = 270, а для митохондрии = 12.