Учебный сайт Ксении Худяковой

Задание1.
С помощью программ samtools и bcftools получить список однонуклеотидных полиморфизмов (SNP) и инделей (то есть делеций и инсерций) для ридов, картированных на геномы хлоропласта и митохондрии из предыдущего задания. Использованная команды:

samtools mpileup -u -g -f genomes.fasta out_sorted.bam > genomes.bcf

Чтобы получить список SNP и инделей, используем bcftools. bcftools view -vcg genomes.bcf > genomes.vcf Результат - файл со списком genomes.vcf. Число строк, содержащих 'DP=' соответствует числу SNP, а содержащих 'INDEL;' - числу инделей.

                        grep 'DP=' genomes.vcf | wc -l 
                        grep 'INDEL;' genomes.vcf | wc -l                       
                        

Задание 2. В этом задании нужно собрать геном хлоропласта и митохондрии на основе картированных ридов. Характеристика N50 показывает длину контига, при которой 50% гипотетической длины последовательности покрываются контигами длины, равной значению N50. Нужно было перебрать различные длины k-меров, чтобы N50 оказался максимальным.
При длине k-мера = 25 N50 = 130, и это максимум среди тех длин, которые я перебрала.

                    velveth velveth_dir_31 31 -fastq f1.fastq
                    velvetg velveth_dir_31 -cov_cutoff auto 
                    

После этого я сделала локальный бласт контигов.

                       makeblastdb -in sequence.fasta -dbtype nucl
                       blastn -task blastn -query contigs.fa -db genomes.fasta -outfmt 7
                       -num_alignments 1 -out alignment.fa