|
|
||||||
|
Надо было вывести через SRS список хромосом дрожжей Saccharomyces cerevisiae и переформатировать его. REFSEQ_DNA:NC_001133 NC_001133 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome I, complete sequence. 230218 REFSEQ_DNA:NC_001134 NC_001134 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome II, complete sequence. 813184 REFSEQ_DNA:NC_001135 NC_001135 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome III, complete sequence. 316620 REFSEQ_DNA:NC_001136 NC_001136 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome IV, complete sequence. 1531933 REFSEQ_DNA:NC_001137 NC_001137 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome V, complete sequence. 576874 REFSEQ_DNA:NC_001138 NC_001138 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome VI, complete sequence. 270161 REFSEQ_DNA:NC_001139 NC_001139 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome VII, complete sequence. 1090940 REFSEQ_DNA:NC_001140 NC_001140 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome VIII, complete sequence. 562643 REFSEQ_DNA:NC_001141 NC_001141 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome IX, complete sequence. 439888 REFSEQ_DNA:NC_001142 NC_001142 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome X, complete sequence. 745751 REFSEQ_DNA:NC_001143 NC_001143 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XI, complete sequence. 666816 REFSEQ_DNA:NC_001144 NC_001144 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XII, complete sequence. 1078177 REFSEQ_DNA:NC_001145 NC_001145 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XIII, complete sequence. 924431 REFSEQ_DNA:NC_001146 NC_001146 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XIV, complete sequence. 784333 REFSEQ_DNA:NC_001147 NC_001147 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XV, complete sequence. 1091291 REFSEQ_DNA:NC_001148 NC_001148 Saccharomyces cerevisiae S288c chromosome XVI, complete sequence. 948066 Мне досталась вторая хромосома. Ее длина 813184 пар оснований. Количество генов белков - 408. Число тРНК - 13. Требовалось привести примеры четырех генов по заданным критериям. ген, который находится на прямой цепи и не имеет интронов: Для белка с идентификатором YP_003762680.1 в базе данных NCBI Protein Database был получен Uniprot ID (D8HXL8_AMYMU). С помощью команды "entret uniprot:D8HXL8_AMYMU" был получен файл uni, в котором в строке, начинающейся с "DR EMBL", сразу после "EMBL" идёт AC соответствующих записей EMBL: CP002000 (содержит полный геном бактерии Mycobacterium leprae TN) и ADJ42278.1 (содержит информацию о заданном белке) С помощью команд: "entret embl:CP002000" и "entret embl:ADJ42278.1" получены файлы CP002000 и ADJ42278_1 с соответствующими полными записями EMBL. Чтобы вырезать участок, кодирующий заданный белок, из общего файла с геномом бактерии, нужно сначала определить его координаты и направление (их можно найти в любом из файлов ADJ42278_1 и CP002000), а затем применить к файлу CP002000 команду seqret с опцией -sask. Координаты участка, кодирующего заданный белок: 459790..460539. Участок расположен на + цепи. В результате получен файл final.fasta с последовательностью гена в формате fasta. |