Мне был дан контиг кардиального отдела желудка валлаби. Задача заключается в том, чтобы проаннотировать его - то есть определить границы белок-кодирующих генов и по возможности определить их функции. С помощью програмы ORF Finder были найдены открытые рамки считывания. Результат запуска програмы представлен на рис.1
рис.1
Для определения открытых рамок считывания использовался прокариотический генетический код, что было отмечено в соответсвующем поле настроек программы. Из найденных открытых рамок считывания были отобраны непересекающиеся рамки достаточной (180 п.н.) длины. Далее для этих аминокислотных последовательностей был произведен поиск похожих последовательностей в базе данных Swiss-prot с помощью blastp на NCBI. Надо было отобрать такие последовательности, для которых есть находки с покрытием больше 80% и e-vavue меньше 0,001. Было найдено три подходящих последовательности. Характеристики всех находок представлены на табл.1
табл.1
Далее было произведено предсказание генов с помощью другой программы - GeneMark. В результате получено два - фала: PDF-файл с графиком кодирующего потенциала и файл-таблица. На рис. 2 представлен график кодирующего потенциала. Жирной линией обозначены находки генов. В табл.2 содержится информация о находках.
рис.2
табл.1
Сравнение предсказаний.
С помощью ORF Finder + Blast был выявлено три гена, как и с помощью GeneMark.
Все гены из GeneMark соответствуют генам, найденным с помощью
ORF Finder + Blast.