Задание 1. GENSCAN
С помощью программы GENSCAN была получена экзон-интронная структура человеческого гена, предложенного
в задании.
Задание 2. Genome Browser
Также экзон-интронная структура этого гена была получена с помощью программы BLAT на сервере Genome Browser. Было получено множество
находок фрагмента генома человека, так или иначе совпадающих с данным геном. Был выбран фрагмент со стопроцентным покрытием и наибольшим
весом. Надо было нажать гиперссылку "browse" для просмотры структуры. В настройках было отмечено, чтобы отображались только мРНК и
EST(короткие фрагменты (клонированной) мРНК), покрывающие данный ген.
На скриншоте выделены альтернативные кассетные экзоны:
Задание 3. BLASTX
Дан фрагмент генома киви Actinidia chinensis
в задании. Был выполнен помск гомологов с помощью blastx в базах даннх RefSeq и SwissProt. Поиск был ограничен
растительными геномами. Из поиска был исключен геном винограда Vitis vinifera, а также
поиск по моделям и пробам среды. Результаты представлены в табл.1
табл.1