Учебный сайт Ксении Худяковой

Построение и визуализация электронной плотности

Для выполнения задания была выбрана структура с идентификатором 4r5f. Это цистеиновая десульфураза IscS из организма Archaeoglobus fulgidus, белок, который был мне выдан в первом семестре.
Разрешение структуры 1.9 Å.

1. Изображение электронной плотности вокруг полипептидной цепи

Рисунок 1. Электронная плотность полипептидной цепи при трёх уровнях подрезки

На низких уровнях подрезки видна общая форма белка, но при увеличении уровня подрезки покрытие атомов полипептидной цепи электронной плотностью уменьшается, т.е. при большем уровне подрезки остаются видны только участки с большей электронной плотностью.

2. Построение изображения электронной плотности вокруг трёх аминокислотных остатков

Я выбрала три разных аминокислотных остатка, расположенных рядом: Val12, Asp13, Glu14. На этот раз я выбрала больше уровней подрезки: 0.1, 1, 2, 3 и 4 (рис.2). Результат оказался таким же, как и на рис.1: при увеличении уровня подрезки покрытыми электронной плотностью остаются только отдельные атомы.
Тем не менее, при низких уровнях подрезки электронная плотность очень хорошо сочетается с расположением атомов.

Рисунок 2. Электронная плотность вокруг трех аминокислотных остатков при пяти уровнях подрезки