Построение поверхности, раскраска участка поверхности: pymol

Для структуры с идетификаторм 1qqb я построила ряд поверхностей: (рис.1-3)

Рис.1 Поверхность контакта мономера белка с симметричным мономером на фоне остовной (ribbon) модели мономера.

Рис.2 Поверхность контакта димера белков с двойной спиралью ДНК на фоне остовной модели части белка, вовлечённой в контакт.

Рис.3 Поверхность контакта ДНК с димером белков на фоне проволочной (sticks) модели двойной спирали.

Далее с помощью сервера CluD я выделила гидрофобные кластеры (рис.4). Надо отметить, что многие гидрофобные кластеры были очень большими и атомы в них были рассеяны по всему белку. Изменение порога частично помогло, но несколько таких кластеров все равно осталось. Их я не стала отмечать. После этого не осталось кластеров, находящихся поблизости к поверхности контакта между мономерами. Я использовала порог 4.5. Скрипт, который из текстовой выдачи CluD делает команды для PyMol.

Рис.4 Поверхность контакта мономера белка с симметричным мономером. Атомы, входящие в гидрофобные кластеры - большие сферы.