Учебный сайт Ксении Худяковой

Главная > Семестры > Семестр 7 > Практикум 4

Сравнение доменов в разных БД

Таблица 1. Сводная таблица классификаций доменов для бактериального пуринового репрессора (PDB ID: 1qqb)

База данных структурных классификаций Количество доменов Название доменов Расположение, ао
SCOPe 2 d1qqba1 3-58
d1qqba2 59-340
ECOD 3 e1qqbA4 3-55
e1qqbA5 58-160
e1qqbA3 160-340
CATH 3 1qqbA01 3-59
1qqbA02 60-161
1qqbA03 162-291
Pfam 2 lacI 3-48
Peripla_BP_3 170-331

Первый домен у всех баз данных один и тот же (почти). Остальная часть белка считается либо одним доменом (SCOPe, Pham), либо делится на два домена почти пополам (ECOD, CATH).